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huizwang新蟲 (初入文壇)
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[求助]
畢設小白請教用MS的pdb文件借助VMD轉(zhuǎn)成lammps的data文件的問題 已有1人參與
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各位前輩好,我畢設是做一個分子動力學模擬,依照師姐的指導用MS建了模型然后導出pdb文件,再在VMD里打開 用 topo writelammpsdata xx.data charge命令來轉(zhuǎn)data文件 建的模是纖鋅礦結(jié)構(gòu)的氧化鋅,但是轉(zhuǎn)出來的文件在電荷量那列全是0.00000 自己手動給改成了應該的2和-2后 運行l(wèi)ammps報錯 format不對。。。。 緊急求教各位大神,這種情況如何能使VMD文件直接能導出帶正確電荷值得的data文件(pbd文件和導出的data文件在附件里上傳了) 感謝各位前輩的閱讀 |
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新蟲 (初入文壇)
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