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huizwang新蟲 (初入文壇)
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[求助]
畢設(shè)小白請(qǐng)教用MS的pdb文件借助VMD轉(zhuǎn)成lammps的data文件的問題 已有1人參與
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各位前輩好，我畢設(shè)是做一個(gè)分子動(dòng)力學(xué)模擬，依照師姐的指導(dǎo)用MS建了模型然后導(dǎo)出pdb文件，再在VMD里打開 用 topo writelammpsdata xx.data charge命令來轉(zhuǎn)data文件 建的模是纖鋅礦結(jié)構(gòu)的氧化鋅，但是轉(zhuǎn)出來的文件在電荷量那列全是0.00000 自己手動(dòng)給改成了應(yīng)該的2和-2后 運(yùn)行l(wèi)ammps報(bào)錯(cuò) format不對(duì)。。。。 緊急求教各位大神，這種情況如何能使VMD文件直接能導(dǎo)出帶正確電荷值得的data文件（pbd文件和導(dǎo)出的data文件在附件里上傳了） 感謝各位前輩的閱讀 |
回復(fù)此樓» 本帖附件資源列表
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- 附件 2 : ZnO.data
2015-05-08 16:07:07, 473.24 K
2015-05-08 16:07:19, 152.15 K
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 分子動(dòng)力學(xué)-初級(jí)問題資源 |
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zs806750658 
銅蟲 (正式寫手)
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4樓2019-07-26 17:56:15
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2樓2015-05-10 14:20:52
huizwang
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3樓2015-05-10 16:18:58
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