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fanc232新蟲 (小有名氣)
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[求助]
使用gromacs模擬失真——關鍵氫鍵無法形成 已有3人參與
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如附件圖片所示，圖中Tyr側(cè)鏈上羥基H atom本應當和配體上的羰基O atom形成氫鍵；這是配體-受體的關鍵作用力之一。 但實際模擬的時候，Tyr側(cè)鏈的這個H atom很快轉(zhuǎn)了方向，指向Phe的側(cè)鏈。 我懷疑是不是Phe側(cè)鏈上的大π電子云把H atom吸引過去的，加上配體附近那個Zn離子排斥，就把這個H atom弄走了。 但總之，模擬中如果連這個關鍵作用力都會丟失，我就肯定沒辦法獲得準確的動力學數(shù)據(jù)。 在此請各位大神指點迷津！ 大家有什么想法請盡管說，我現(xiàn)在已經(jīng)不知道該往哪個方向查資料了。求助求助！ ask.png |
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就這個問題，我認為使用QMMM是完全錯誤的 氫鍵的斷裂-生成的時間尺度在ns的級別，用只能持續(xù)ps的DFT/MM模擬得到的結(jié)果沒有任何意義 （探索不了足夠的相空間） 用半經(jīng)驗方法可以探索ns級別的相空間（即便如此，也只是10ns的級別而已，其實是很難說的），但是問題在于現(xiàn)有的半經(jīng)驗方法不能很好的描述弱相互作用，少數(shù)帶有弱相互作用修正項的方法（如PM6-DH+）其函數(shù)形式會造成勢能面的不連續(xù)，不適用于MD 而且，半經(jīng)驗的結(jié)果很多時候并不如力場準確 就這個問題，我認為LZ應該考慮的是 （1）是否真的形成了氫鍵？或許LZ模擬得到的才是真實的情況 （2）是否是由于模擬時間不夠，體系沒有探索足夠的相空間 （3）如果都不是，LZ可以改用charmm36或者GROMOS力場試試（gromacs都支持） （4）如果還不行，參考（1） （5）如果LZ確定是力場的問題，再使用量化重新計算電荷 如果商業(yè)行為還不至于那么令人反感的話，完全不顧別人體系實際情況，為推銷自己而進行錯誤建議的商業(yè)行為就有些讓人反感了 |
16樓2015-05-15 12:55:00
jerkwin
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5樓2015-05-12 04:59:51
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