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fanc232新蟲 (小有名氣)
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[求助]
使用gromacs模擬失真——關(guān)鍵氫鍵無法形成 已有3人參與
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如附件圖片所示，圖中Tyr側(cè)鏈上羥基H atom本應(yīng)當(dāng)和配體上的羰基O atom形成氫鍵；這是配體-受體的關(guān)鍵作用力之一。 但實(shí)際模擬的時候，Tyr側(cè)鏈的這個H atom很快轉(zhuǎn)了方向，指向Phe的側(cè)鏈。 我懷疑是不是Phe側(cè)鏈上的大π電子云把H atom吸引過去的，加上配體附近那個Zn離子排斥，就把這個H atom弄走了。 但總之，模擬中如果連這個關(guān)鍵作用力都會丟失，我就肯定沒辦法獲得準(zhǔn)確的動力學(xué)數(shù)據(jù)。 在此請各位大神指點(diǎn)迷津！ 大家有什么想法請盡管說，我現(xiàn)在已經(jīng)不知道該往哪個方向查資料了。求助求助！ ask.png |
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awaken2013
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