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Y224365木蟲 (小有名氣)
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[求助]
Coarse-grain構(gòu)型搭建 已有3人參與
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| 最近看到有使用VMD進(jìn)行把全原子模型轉(zhuǎn)化為CG模型的，想問一下就步驟是什么？還有l(wèi)ammps自帶的VOTCA主頁進(jìn)不去是怎么回事。哪位大神能夠總結(jié)一下lammps粗�；慕２襟E呢？求指教。 |
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chuntao118
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2樓2015-05-13 13:54:27
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nick@nick-B85M-D3V:~/lmp/lammps/examples/shear$ mpirun –np 4 ./lmp_serial<in.shear [proxy:0:0@nick-B85M-D3V] HYDU_create_process (./utils/launch/launch.c:75): execvp error on file –np (No such file or directory) =================================================================================== = BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES = EXIT CODE: 255 = CLEANING UP REMAINING PROCESSES = YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGES =================================================================================== 像這樣的問題怎么解決？ |
3樓2015-05-13 17:18:54
Y224365
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4樓2015-05-14 17:01:55
Y224365
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5樓2015-05-14 20:31:59
Ergon
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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樓主，不知道你做的體系是什么，我見大部分都是做是生物分子。我想做的是納米材料。 我最近也在做粗�；M，打算用lammps來做，現(xiàn)在主要是建模和勢函數(shù)問題上卡著，還有就是不熟悉lammps。 建模我打算用的是全原子替代粗粒子。 勢函數(shù)估計(jì)得看文獻(xiàn)，不過還沒弄到勢函數(shù)上去。 我對lammps也就是剛?cè)腴T的級別，對于要求的性質(zhì)和相關(guān)的lammps命令不太懂，本來打算用lj勢簡單做做的�？墒且�(jì)算相關(guān)性質(zhì)時(shí)傻了眼，也不知道算什么，和用什么命令 （但是我猜想對于熟悉lammps和分子動力學(xué)模擬的高手來說這個(gè)應(yīng)該是個(gè)小問題）還請樓主多多指點(diǎn)。 |
6樓2015-05-14 23:17:54
Y224365
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7樓2015-05-18 09:37:03
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8樓2015-08-24 14:01:58
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9樓2015-08-24 22:39:21
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10樓2015-08-27 12:42:01
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