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趙紅霞鐵桿木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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[求助]
粗�；軇┙�(wèn)題 已有1人參與
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| 各位MS高手，想用mesocite做粗粒化模擬，構(gòu)建好了聚合物，現(xiàn)在卡在構(gòu)建溶劑上了。就以構(gòu)建水溶劑為例，看了help，說(shuō)是先構(gòu)建mesostructure template，再在mesostructure里packing any mesomolecules，對(duì)照著弄了半天還是沒(méi)有弄出來(lái)，求高手支招。 |
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那就以水溶劑為例吧。 ①使用Mesostructure Template構(gòu)建一個(gè)盒子，假設(shè)命名為polymer（如圖1），然后在Filler中Add進(jìn)去一個(gè)文件water（如圖2），說(shuō)明此時(shí)這個(gè)盒子的填充物有polymer和water； ②使用Mesostructure將填充物填充到盒子中，這時(shí)不要將Mesostructure Template.msd文件關(guān)閉，否則不能添加。 圖1.png 圖2.png |
2樓2015-05-13 16:32:49
趙紅霞
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按照您的方法， ①在Mesostructure Template構(gòu)建一個(gè)system的盒子（former），命名為polymer，點(diǎn)擊build（因?yàn)榇藭r(shí)Fillers和Formers都是灰色的），這樣就建立了一個(gè)box，進(jìn)去Fillers，看到只有polymer，于是Add一個(gè)Filler，命名為water。 ②使用Mesostructure將water和polymer填充到盒子中。 問(wèn)題出現(xiàn)了： 第①操作完之后在您的圖2的下方，Assign的右邊，顯示的是2formers，我只有1former，也就是說(shuō)我只有一個(gè)former，所以在第②步填充的時(shí)候只能填充一種成分了。請(qǐng)問(wèn)這是怎么回事？ 我只有在①中繼續(xù)build一個(gè)former才能填充2種成分，而且在第②步添加polymer的時(shí)候個(gè)數(shù)那一欄我填的是1，為什么總是添加了2個(gè)polymer進(jìn)去。請(qǐng)問(wèn)這又是咋回事？ |
3樓2015-05-14 08:50:25
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4樓2015-05-14 09:09:51
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Question 1：噢，不好意思，由于添加的水分子是以前盒子中的水分子，所以我給你演示的盒子對(duì)于水分子來(lái)說(shuō)是另一個(gè)former，即water to 2 formers。我重新構(gòu)建盒子和水分子再添加就是to 1 former（如圖1）； Question 2：只需構(gòu)建一個(gè)盒子就行了，F(xiàn)illers中我們Add進(jìn)去的都是填充物，都可以添加到盒子中，只不過(guò)是相對(duì)量（Mesostructure中的是Relative Amount）的不同，相對(duì)量是1:1，那么就各占50%，如圖2。 圖1.png 圖2.png |
5樓2015-05-14 09:55:13
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6樓2015-05-14 11:05:48
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7樓2015-05-14 11:08:06
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8樓2015-05-14 11:33:15
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董小瑩9樓2015-05-14 13:39:31
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我算了一下，相對(duì)量的比值應(yīng)該不是摩爾比（1:1的時(shí)候摩爾質(zhì)量并不相等）。 ①要想在盒子中只添加一條聚合物，我拿我的油水混合模型舉個(gè)例子吧，即相當(dāng)于我在水相中只添加一條油鏈。我的Density設(shè)定為0.00836，相對(duì)量比值為1:1時(shí)構(gòu)建的盒子如圖1所示。在保證Density不變的情況下，我把相對(duì)量的比值設(shè)定為1:99（有些夸張啊，不過(guò)我也試了1:50左右，目的就是為了讓油鏈減少），構(gòu)建的盒子如圖2所示，只有一條油鏈了。所以我猜想聚合物可不可以這樣添加，但是我沒(méi)有做過(guò)聚合物o(╯□╰)o ②關(guān)于帶電荷，全原子里面是要保證體系的電荷為0，粗粒度的電荷問(wèn)題我不是很清楚，因?yàn)橛退w系都不帶電荷，我會(huì)關(guān)注這方面的。 圖1.png 圖2.png |
10樓2015-05-14 16:36:37
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