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jugengfans金蟲 (正式寫手)
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[求助]
請(qǐng)問(wèn)如何在大型機(jī)上提交vasp的測(cè)試腳本？ 已有1人參與
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各位蟲友， vasp計(jì)算前，必須先測(cè)試ENCUT和K點(diǎn)的數(shù)量是否能使能量收斂， 在單機(jī)上運(yùn)行，仿照侯柱峰老師的教程，寫個(gè)linux腳本就可以 但是在大型機(jī)上，使用的是qsub提交任務(wù)啊！ 腳本里面是這樣的！ #!/bin/bash #PBS -S /bin/bash #PBS -N hello #PBS -l nodes=2:ppn=12 #PBS -l jobtype=parallel ##PBS -o hello.out ##PBS -e hello.err mpirun -np 24 /nuist/u/home/huangx/VASP/vaspmpi 而侯老師的那個(gè)腳本是針對(duì)單機(jī)的，請(qǐng)問(wèn)各位，如果在大型機(jī)上運(yùn)行，在pbs腳本里面應(yīng)該怎么改？ #!/bin/sh rm WAVECAR for i in 150 200 250 300 350 400 do cat > INCAR <<! SYSTEM = Si-Diamond ENCUT = $i ISTART = 0 ; ICHARG = 2 ISMEAR = -5 PREC = Accurate ! echo "ENCUT = $i eV" ; time vasp E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'` echo $i $E >>comment done |
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wmy8802217
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直接把PBS文件當(dāng)。sh文件就好，直接在上面編輯 #!/bin/bash #PBS -S /bin/bash #PBS -N hello #PBS -l nodes=2:ppn=12 #PBS -l jobtype=parallel ##PBS -o hello.out ##PBS -e hello.err rm WAVECAR for i in 150 200 250 300 350 400 do cat > INCAR <<! SYSTEM = Si-Diamond ENCUT = $i ISTART = 0 ; ICHARG = 2 ISMEAR = -5 PREC = Accurate ! echo "ENCUT = $i eV" ; mpirun -np 24 /nuist/u/home/huangx/VASP/vaspmpi E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'` echo $i $E >>comment done |
2樓2015-05-18 22:31:52
jackjiejl
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4樓2016-01-09 00:10:51
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