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Mayerss新蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
關(guān)于Green-Kubo方法模擬水的粘度 已有3人參與
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求問(wèn)有沒(méi)有大神用lammps做過(guò)水的模擬？ 我現(xiàn)在改編了一下manual里面計(jì)算液氬粘度的那個(gè)算例，來(lái)模擬水的粘度，300k下得到的結(jié)果是0.2mPa.s，查得的標(biāo)準(zhǔn)值是0.8mPa.s，請(qǐng)路過(guò)的大神幫忙看一下是哪里出了問(wèn)題，多謝！ in文件貼在下面，data文件和log文件在附件中。 # LAMMPS input script for viscosity of purewater units real variable T equal 300 variable V equal vol variable dt equal 0.4 variable p equal 400 # correlation length variable s equal 5 # sample interval variable d equal $p*$s # dump interval # convert from LAMMPS real units to SI variable kB equal 1.3806504e-23 # [J/K/ Boltzmann variable atm2Pa equal 101325.0 variable A2m equal 1.0e-10 variable fs2s equal 1.0e-15 variable convert equal ${atm2Pa}*${atm2Pa}*${fs2s}*${A2m}*${A2m}*${A2m} # setup problem dimension 3 boundary p p p atom_style full bond_style harmonic angle_style harmonic pair_style lj/cut/tip4p/long 1 2 1 1 0.125 12 15 kspace_style pppm/tip4p 1e-6 read_data sketch.data pair_coeff 1 2 0.0 0.0 # O-H pair_coeff 2 2 0.0 0.0 # H-H pair_coeff 1 1 0.16275 3.16435 # O-O timestep ${dt} thermo $d # equilibration and thermalization velocity all create $T 102486 mom yes rot yes dist gaussian fix NVT all nvt temp $T $T 40 drag 0.2 run 100000 # viscosity calculation, switch to NVE if desired #unfix NVT #fix NVE all nve reset_timestep 0 variable pxy equal pxy variable pxz equal pxz variable pyz equal pyz fix SS all ave/correlate $s $p $d & v_pxy v_pxz v_pyz type auto file S0St.dat ave running variable scale equal ${convert}/(${kB}*$T)*$V*$s*${dt} variable v11 equal trap(f_SS[3])*${scale} variable v22 equal trap(f_SS[4])*${scale} variable v33 equal trap(f_SS[5])*${scale} thermo_style custom step temp press v_pxy v_pxz v_pyz v_v11 v_v22 v_v33 run 200000 variable v equal (v_v11+v_v22+v_v33)/3.0 variable ndens equal count(all)/vol print "average viscosity: $v [Pa.s/ @ $T K, ${ndens} /A^3" |
回復(fù)此樓» 本帖附件資源列表
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- 附件 2 : sketch.data
2015-05-23 19:35:01, 21.42 K
2015-05-23 19:35:02, 361.88 K
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【答案】應(yīng)助回帖
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一樓的同學(xué)說(shuō)不用轉(zhuǎn)化為SI ，這個(gè)我保留意見(jiàn)。我在自己的模擬中使用了單位轉(zhuǎn)化。關(guān)于你的data文件和in文件我說(shuō)一下我的看法：你使用的是tip4p模型，卻使用了很多的spce模型的參數(shù)而不是tip4p模型的參數(shù)。 這是我自己的模擬結(jié)果：（300K,1.29E+5mol/m3） spce tip4p tip4p2005 0.567 0.420 0.721 使用的參數(shù)為lammps手冊(cè)“6.8 TIP4P water mode”中給出的參數(shù)，l |
5樓2017-08-28 09:13:22
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3樓2016-10-05 01:10:05
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4樓2016-10-25 09:56:35
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