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julyrush5530鐵蟲 (初入文壇)
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[求助]
NEB計(jì)算問題求助 已有1人參與
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模型：溴苯在Cu111上斷裂C-Br鍵， NEB過渡態(tài)搜索。 問題：不能收斂，計(jì)算差不多2個(gè)小時(shí)，導(dǎo)出發(fā)現(xiàn)各個(gè)Image苯環(huán)結(jié)構(gòu)明顯變形，（因?yàn)槌跄⿷B(tài)原子不匹配，我把它們的溴苯原子先匹配好，然后都采用末態(tài)的基底，初態(tài)結(jié)構(gòu)幾乎沒有變化，這樣產(chǎn)生的Image苯環(huán)都是完整的，反應(yīng)路徑也是和我預(yù)想大致一樣）。 我嘗試過，固定斷鍵的原子，先讓每個(gè)Image獨(dú)自優(yōu)化，然后再替換POSCAR，刪除每個(gè)Image不必要的文件，再做NEB。這個(gè)的話跑了很久，苯環(huán)結(jié)構(gòu)沒有壞，但和以前一樣，01Image能量總是不能和好的收斂，波動很大，力更是變動得離譜。 INCAR01.png INCAR02.png nebef.png nebef01.png |
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
julyrush5530: 金幣+2, ★★★很有幫助 2015-05-27 10:13:29
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
julyrush5530: 金幣+2, ★★★很有幫助 2015-05-27 10:13:29
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“因?yàn)槌跄⿷B(tài)原子不匹配，我把它們的溴苯原子先匹配好，然后都采用末態(tài)的基底，初態(tài)結(jié)構(gòu)幾乎沒有變化，這樣產(chǎn)生的Image苯環(huán)都是完整的，反應(yīng)路徑也是和我預(yù)想大致一樣”1.初末態(tài)原子都不匹配如何做NEB？2.你處理后的初態(tài)沒有再次優(yōu)化，說明結(jié)構(gòu)是不穩(wěn)定的，也不能進(jìn)行下一步計(jì)算。 “我嘗試過，固定斷鍵的原子，先讓每個(gè)Image獨(dú)自優(yōu)化，然后再替換POSCAR，刪除每個(gè)Image不必要的文件，再做NEB�！�3.你把NEB中運(yùn)動的原子都固定了再計(jì)算還有什么意義？4.VASP是等間距插點(diǎn)，你刪除其中的某些對計(jì)算肯定有影響。 我不做NEB對你的INCAR不評論。關(guān)于nebef中第二列是Image間距，你那明顯不合理。 所以你還是老老實(shí)實(shí)的一步步來，先優(yōu)化好初態(tài)，然后由初態(tài)得到末態(tài)，再根據(jù)初末態(tài)做NEB吧 |
2樓2015-05-27 08:58:36
julyrush5530
鐵蟲 (初入文壇)
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 謝謝大俠的回復(fù)。1、2：我因?yàn)橐鸦氐淖钕旅鎯蓪庸潭ǎ褂脀xDragon產(chǎn)生的POSCAR（它把原子按Z軸高度排列，打亂了原來的排序）方便我固定。請問您是用什么產(chǎn)生POSCAR的，VESTA可以，但好像得自己一個(gè)個(gè)挑出來固定，我的體系有140多個(gè)原子，這樣子太不方便了。 我覺得您說得是對的，我也考慮這個(gè)穩(wěn)態(tài)問題，所以替換基底后把初態(tài)跑了一次發(fā)現(xiàn)整個(gè)過程能量幾乎沒變。吸附態(tài)能量在表面上幾乎一樣的，所以我也就默認(rèn)了，主要是我沒有很好的方法產(chǎn)生POSCAR。 3，4: 這里是因?yàn)槲遗芰艘粋�(gè)把小時(shí)苯環(huán)結(jié)構(gòu)就散掉了，當(dāng)初我認(rèn)為是差值產(chǎn)生的IMAGE結(jié)構(gòu)不合理（其實(shí)沒多大問題，鍵長什么的都還在合理范圍內(nèi)），我也沒辦法，想著先固定斷鍵的兩個(gè)原子然他們單獨(dú)優(yōu)化（不是NEB），優(yōu)化完了我發(fā)現(xiàn)能量基本是一個(gè)合理的拋物線，然后我再把，每個(gè)IMAGE的CONTCAR拷成POSCAR（并且把POSCAR的元素符去掉，松開固定原子），刪掉INCAR,KPOINTS,腳本文件。讓NEB接著這個(gè)跑，這樣的話跑了接近一天，其中有一個(gè)態(tài)的能量和文獻(xiàn)的過渡態(tài)能量很接近了，一直在那個(gè)值附近波動。但第一個(gè)IMAGE總是不能很好收斂其受的力大的離譜，能量時(shí)高時(shí)低。 希望你給我指點(diǎn)下，我覺得產(chǎn)生POSCAR很關(guān)鍵，因?yàn)橐郧白鯤2分解時(shí)，NEB就可以跑，只是沒加VDW能量不準(zhǔn)，但其他都很接近。 |
3樓2015-05-27 10:10:58
julyrush5530
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