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cumt蟈蟈

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[交流] neb過(guò)渡態(tài)收斂問(wèn)題

最近再算neb，希望能得到反映的能壘，可總是不收斂，下面是我的INCAR，期望有經(jīng)驗(yàn)的蟲(chóng)友能給一下指導(dǎo)！
我算的是slab上的反應(yīng)，不知道在得到中間態(tài)images后可不可以將slab全部固定？
SYSTEM = system
ENCUT  = 380
ISTART = 0; ICHARG = 2
ISMEAR = 1; SIGMA  = 0.18
NSW = 100
IBRION = 1
NELMIN = 5
EDIFF  = 1E-4
EDIFFG = -0.05
ALGO = Fast
PREC = Accurate
LWAVE  = .FALSE.
LCHARG = .FALSE.
LREAL  = Auto
IMAGES = 5
SPRING = -5

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1樓 2014-02-12 08:31:59

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cavediger

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cumt蟈蟈: 金幣+10, 非常感謝！ 2014-02-14 08:27:27

如果忽略反應(yīng)過(guò)程中表面變化的影響，完全可以把表面固定。
怎么個(gè)不收斂法你沒(méi)有講清楚，下面情況可參考：
1.如果搜索過(guò)程變化是合理的，增加搜索次數(shù)；
2.如果搜索過(guò)程變化不合理，image結(jié)構(gòu)亂了，說(shuō)明插入的初始結(jié)構(gòu)有問(wèn)題，搜索過(guò)渡態(tài)前，一定要看一下插入結(jié)構(gòu)的合理性，中間的各個(gè)image是在反應(yīng)物和產(chǎn)物之間做線性插值得到的，有時(shí)候會(huì)不合理，譬如會(huì)出現(xiàn)原子間距離過(guò)近等，這是一定要手動(dòng)微調(diào)一下。別期望隨便插個(gè)結(jié)構(gòu)就能收斂到過(guò)渡態(tài)去，尤其VASP自帶的NEB方法。
3.如果自己能編譯，建議把Henkelmann后來(lái)寫(xiě)的搜索過(guò)渡態(tài)的code編進(jìn)去，用其中的CNEB方法搜索過(guò)渡態(tài)，命中率更高。

[ Last edited by cavediger on 2014-2-13 at 12:08 ]

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4樓2014-02-13 12:07:19

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userhung

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cumt蟈蟈: 金幣+1 2014-02-13 07:49:22

幫頂，blessing, blessing, blessing ! ~~~

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2樓2014-02-12 08:51:18

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2樓: Originally posted by userhung at 2014-02-12 08:51:18
幫頂，blessing, blessing, blessing ! ~~~

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3樓2014-02-13 07:48:53

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4樓: Originally posted by cavediger at 2014-02-13 12:07:19
如果忽略反應(yīng)過(guò)程中表面變化的影響，完全可以把表面固定。
怎么個(gè)不收斂法你沒(méi)有講清楚，下面情況可參考：
1.如果搜索過(guò)程變化是合理的，增加搜索次數(shù)；
2.如果搜索過(guò)程變化不合理，image結(jié)構(gòu)亂了，說(shuō)明插入的初 ...

非常感謝你的回復(fù)！
1.確實(shí)剛開(kāi)始自動(dòng)生成的插入結(jié)構(gòu)有些是不合理的，憑自己的感覺(jué)我也做了一些調(diào)整，可結(jié)果還是不理想。
2.image的個(gè)數(shù)是越多越容易收斂吧，一般的幾個(gè)比較合適？5 or 7？
3.我也嘗試了在自己的賬號(hào)下安裝vasp5.2，然后再將CNEB方法編譯進(jìn)去，可是vasp5.2總是安裝不上，不知道這位仁兄安裝過(guò)沒(méi)有，懇求指導(dǎo)一二！

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5樓2014-02-14 08:38:56

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5樓: Originally posted by cumt蟈蟈 at 2014-02-14 08:38:56
非常感謝你的回復(fù)！
1.確實(shí)剛開(kāi)始自動(dòng)生成的插入結(jié)構(gòu)有些是不合理的，憑自己的感覺(jué)我也做了一些調(diào)整，可結(jié)果還是不理想。
2.image的個(gè)數(shù)是越多越容易收斂吧，一般的幾個(gè)比較合適？5 or 7？
3.我也嘗試了在自己的 ...

1.追查一下，看看從哪步結(jié)構(gòu)開(kāi)始變壞的，將其前面的結(jié)構(gòu)CP到POSCAR，重新搜索TS
2.沒(méi)有看到image越多越易收斂的說(shuō)法，我自己一般取5個(gè)，計(jì)算資源有限

3.沒(méi)有在自己賬號(hào)下編過(guò)，都是root身份編的，這里有個(gè)5.3版的編譯，你可參考一下：http://blog.sciencenet.cn/blog-100989-717066.html

[ Last edited by cavediger on 2014-2-15 at 18:17 ]

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6樓2014-02-15 18:16:39

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如果把表面固定的話，是在images插入之前固定吧？

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7樓2014-02-20 08:57:32

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7樓: Originally posted by cumt蟈蟈 at 2014-02-20 08:57:32
如果把表面固定的話，是在images插入之前固定吧？...

無(wú)所謂，如果你插入image前加F，插入的結(jié)構(gòu)自動(dòng)帶入；如果插入image前沒(méi)有固定，那就要逐個(gè)修改插入的結(jié)構(gòu)文件

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8樓2014-02-20 16:34:45

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8樓: Originally posted by cavediger at 2014-02-20 16:34:45
無(wú)所謂，如果你插入image前加F，插入的結(jié)構(gòu)自動(dòng)帶入；如果插入image前沒(méi)有固定，那就要逐個(gè)修改插入的結(jié)構(gòu)文件...

結(jié)果有點(diǎn)差別，但好像不大，每個(gè)插入的images能量差都不到0.1。但有個(gè)問(wèn)題，最后任務(wù)計(jì)算完時(shí)，輸出的結(jié)果“reached required accuracy - stopping structural energy minimisation
”是按image1來(lái)得。難道image1收斂了，其他也就收斂了，也不對(duì)�。�

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9樓2014-02-24 16:36:27

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9樓: Originally posted by cumt蟈蟈 at 2014-02-24 16:36:27
結(jié)果有點(diǎn)差別，但好像不大，每個(gè)插入的images能量差都不到0.1。但有個(gè)問(wèn)題，最后任務(wù)計(jì)算完時(shí)，輸出的結(jié)果“reached required accuracy - stopping structural energy minimisation
”是按image1來(lái)得。難道image1 ...

你理解的可能有誤，NEB收斂是指那個(gè)能量函數(shù)，你找篇關(guān)于NEB的文獻(xiàn)看看

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10樓2014-02-25 13:59:47

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6樓: Originally posted by cavediger at 2014-02-15 18:16:39
1.追查一下，看看從哪步結(jié)構(gòu)開(kāi)始變壞的，將其前面的結(jié)構(gòu)CP到POSCAR，重新搜索TS
2.沒(méi)有看到image越多越易收斂的說(shuō)法，我自己一般取5個(gè)，計(jì)算資源有限

3.沒(méi)有在自己賬號(hào)下編過(guò)，都是root身份編的，這里有個(gè) ...

如何判斷從哪步結(jié)構(gòu)開(kāi)始變壞，僅是通過(guò)觀察嗎？還是有其他標(biāo)準(zhǔn)？
計(jì)算時(shí)初態(tài)和末態(tài)要固定所有原子嗎？

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11樓2014-02-25 21:45:32

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11樓: Originally posted by cumt蟈蟈 at 2014-02-25 21:45:32
如何判斷從哪步結(jié)構(gòu)開(kāi)始變壞，僅是通過(guò)觀察嗎？還是有其他標(biāo)準(zhǔn)？
計(jì)算時(shí)初態(tài)和末態(tài)要固定所有原子嗎？...

“結(jié)構(gòu)開(kāi)始變壞”是指已經(jīng)不再沿可能路徑變化了，這需要經(jīng)驗(yàn)，其實(shí)也簡(jiǎn)單，說(shuō)穿了就是顯示一下中間結(jié)構(gòu)，看看是否偏離了可能的路徑，是否有其他標(biāo)準(zhǔn)不知道。
NEB時(shí)，反應(yīng)物和產(chǎn)物中的原子本來(lái)就是不動(dòng)的

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12樓2014-03-05 16:26:29

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劉小偉110

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在初態(tài)和末態(tài)之間插點(diǎn)，如果沒(méi)有找到過(guò)渡態(tài)，繼續(xù)插點(diǎn)的話，是在原先的POSCAR之間插點(diǎn)，還是在OUTCAR之間插點(diǎn)呢？
還有就是判斷是不是過(guò)渡態(tài)的標(biāo)準(zhǔn)是什么，會(huì)不會(huì)每一次插點(diǎn)的最高能量都要算虛頻呢？
期待您回復(fù)

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13樓2014-04-03 20:22:29

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