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Gaoxiguang木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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Lammps用dump命令導(dǎo)出的計(jì)算結(jié)果怎么在VMD里顯示鍵連接？ 已有6人參與
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Lammps用dump命令導(dǎo)出的計(jì)算結(jié)果怎么在VMD里顯示鍵連接？ dump命理只輸出ID 和xyz坐標(biāo) dump output all custom 100 dump.grap id type x y z 導(dǎo)入VMD后默認(rèn)顯示線，是這樣的，亂七八糟。 http://image.keyan.cc/data/bcs/2 ... _1433889436_146.jpg 在vmd里用點(diǎn)顯示如下 http://image.keyan.cc/data/bcs/2 ... _1433889466_659.jpg 是正常的。dump文件里并沒(méi)有指定原子之間的鍵，所以我猜這些亂七八糟的線是VMD自己加的。 求教，如何在VMD里顯示鍵連接？或者dump出的文件還要加什么數(shù)據(jù)。謝啦。 線.jpg 點(diǎn).jpg |
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yuan_xjtu
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9樓2018-11-06 10:47:05
lsloneil
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小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
Gaoxiguang: 金幣+5, 太贊了，感激之情無(wú)以言表�。�！ 2015-06-10 23:25:34
小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
Gaoxiguang: 金幣+5, 太贊了，感激之情無(wú)以言表�。�！ 2015-06-10 23:25:34
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嘗試以下操作，前提是你有一個(gè)對(duì)應(yīng)你的系統(tǒng)的lammps data 文件 （姑且叫做input.data) VMD -> Extensions -> Tk Console 輸入 topo readlammpsdata input.data #讀取data文件 animate write psf input.psf #生成psf文件 然后重新打開(kāi)VMD，先用VMD打開(kāi)生成的psf文件，再打開(kāi)你的dump文件。 我印象中這樣可以顯示成鍵信息，不過(guò)很久沒(méi)試過(guò)了。如果不行的話你再想其他辦法。 |
2樓2015-06-10 08:06:37
Gaoxiguang
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4樓2015-10-03 19:04:57
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