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sunny11223鐵桿木蟲(chóng) (著名寫手)
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[求助]
請(qǐng)教sorption（MS）問(wèn)題，請(qǐng)大神幫助 已有1人參與
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小弟現(xiàn)在用MS中的sorption版塊做氣體吸附，遇到一些問(wèn)題不是很明白，現(xiàn)在總結(jié)一下問(wèn)題，請(qǐng)大神們幫助。萬(wàn)分感謝。 1，MS中的COMPASS力場(chǎng)是不是加密的，無(wú)法看到其具體參數(shù)，無(wú)法修改。 2，見(jiàn)文獻(xiàn)中做GCMC氣體吸附，有些吸附劑和吸附質(zhì)會(huì)選擇不同力場(chǎng)，當(dāng)然他們可能使用bigmac或者music code等去模擬的。請(qǐng)問(wèn)如果用sorption模擬的話，好像只能針對(duì)吸附劑選擇一個(gè)力場(chǎng)，這樣子的話是不是可以說(shuō)sorption在這方面是局限的，是無(wú)法模擬出吸附劑與吸附質(zhì)需要不同力場(chǎng)的情況。 3，關(guān)于力場(chǎng)選擇。見(jiàn)文獻(xiàn)中氣體吸附一般用UFF，DREIING，首先請(qǐng)問(wèn)為什么大部分都選這兩個(gè)力場(chǎng)，是因?yàn)榇肆?chǎng)下模擬出來(lái)的結(jié)果與experimental data更對(duì)應(yīng)嗎？還是有別的原因。 4，關(guān)于力場(chǎng)修改。見(jiàn)有些文獻(xiàn)會(huì)把力場(chǎng)中的參數(shù)進(jìn)行修改，因?yàn)槭切率郑哉?qǐng)教一下這個(gè)修改過(guò)程。拿UFF做個(gè)例子，請(qǐng)問(wèn)是不是這樣：打開(kāi)UFF的力場(chǎng)文件，把UFF力場(chǎng)中的某些參數(shù)進(jìn)行修改后另存為UFF2，進(jìn)行模擬的時(shí)候力場(chǎng)選擇UFF2即可。 5，關(guān)于吸附質(zhì)。見(jiàn)文獻(xiàn)中，CO2，N2定義為 three-site molecule，to account for the quadrupole moment. 請(qǐng)問(wèn)模擬過(guò)程中如何定義CO2，N2這樣子的四級(jí)矩分子，像在sorption好中是沒(méi)有選項(xiàng)設(shè)置的，在music-code中會(huì)有選項(xiàng)編輯將CO2，N2設(shè)定為四級(jí)矩分子嗎？再比如說(shuō)，CH4分子會(huì)被定義為united-atom，請(qǐng)問(wèn)在sorption中怎樣實(shí)現(xiàn)這樣的定義（或者說(shuō)在sorption中根本無(wú)法實(shí)現(xiàn)，只能在像music-code這樣子才能實(shí)現(xiàn)）？sorption中如何實(shí)現(xiàn)對(duì)氣體分子的這樣子的定義？ 6，對(duì)于sorption的吸附結(jié)果，縱坐標(biāo)為loading（percell），請(qǐng)問(wèn)這里的單位是N/Unique cell ，還是mol/mol ,學(xué)習(xí)過(guò)論壇中的幾個(gè)帖子，有前輩說(shuō)N/Unique cell就是mol/mol。請(qǐng)問(wèn)sorption中這里的loading（percell）怎樣轉(zhuǎn)換成mmol/g. 7,關(guān)于混合氣體的吸附選擇性S的問(wèn)題。Sij=Xi Yi/Xj Yj .請(qǐng)問(wèn)sorption模擬的話，這里的分母Xj Yj 指的是哪一部分，作為體相濃度的話是不是就是整個(gè)敞開(kāi)體系，那么計(jì)算Sij時(shí)，這里的Xj Yj就可忽略了，請(qǐng)問(wèn)是這樣子理解嗎？ 8，見(jiàn)一些文獻(xiàn)模擬MOFs的breathing或者是flexible性能。請(qǐng)問(wèn)，僅僅用MS模擬的話，此過(guò)程可不可以用sorption+discover（或forcite）來(lái)完成。 9，請(qǐng)大神們能否舉個(gè)例子比較一下sorption與music code等在模擬氣體吸附方面的具體差異，看過(guò)ghcacj大神的帖子，有過(guò)對(duì)music的詳細(xì)介紹。因?yàn)樾〉墁F(xiàn)在還沒(méi)有運(yùn)行過(guò)music，所以具體差異還不是很清楚。 10，用sorption來(lái)模擬氣體吸附，請(qǐng)問(wèn)能否給出氣體在吸附劑表面的吸附狀態(tài)（比如說(shuō)緊密程度，吸附密度是可以給出的這個(gè)知道），能否給出吸附劑與吸附質(zhì)分子的具體相互作用？ 因?yàn)樽罱恢痹谟胹orption，也是剛剛?cè)腴T不久，所以問(wèn)題很多，請(qǐng)大神們指點(diǎn)。  |
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pigrass
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
sunny11223(abinitio代發(fā)): 金幣+50, 感謝精彩應(yīng)助！ 2015-06-16 09:28:37
sunny11223: 金幣+10, ★★★很有幫助, 謝謝前輩的幫助 2015-06-16 16:32:04
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
sunny11223(abinitio代發(fā)): 金幣+50, 感謝精彩應(yīng)助！ 2015-06-16 09:28:37
sunny11223: 金幣+10, ★★★很有幫助, 謝謝前輩的幫助 2015-06-16 16:32:04
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挑幾個(gè)我能回答的回答吧 1、compass在MS里是看不到參數(shù)的，你可以help里查下compass力場(chǎng)的文獻(xiàn)出處，或許文獻(xiàn)里會(huì)有。貌似lammps的安裝包里的classⅡ就是compass力場(chǎng)，那個(gè)好像能打開(kāi)看 3、這個(gè)可以看看help里對(duì)一些力場(chǎng)的說(shuō)明，有適用范圍的。Dreiding用過(guò)，算是比較簡(jiǎn)單的力場(chǎng)，有些體系的效果還不錯(cuò)的 The Dreiding forcefield has good coverage for organic, biological and main-group inorganic molecules. It is only moderately accurate for geometries, conformational energies, intermolecular binding energies and crystal packing. 4、大致思路是這樣的，如果你知道off或者lib力場(chǎng)文件的編寫規(guī)范，可以用ultraedit一類的軟件直接編輯；在MS里的話可以導(dǎo)入MS允許編輯的力場(chǎng)文件，forcefield manager可以直接修改力場(chǎng)文件。要注意力場(chǎng)文件使用的量綱。 6、N/per cell換算mmol/g N/阿伏伽德羅常數(shù)*1000=mmol 多孔骨架的分子量是在property explorer里看到的percell多孔骨架的質(zhì)量我覺(jué)得是等于 多孔骨架分子量/阿伏伽德羅常數(shù) 整理下 N*1000/骨架分子量=mmol/g 【這個(gè)最好找老師確認(rèn)下】 10、Predicting the loading of CH4 in zeolite MFI with Sorption里有作圖顯示哪里容易吸附，不知道是不是符合你的要求 |
2樓2015-06-16 09:22:41
pigrass
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lammps里的compass力場(chǎng)，可以拿記事本打開(kāi)看 |
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2015-06-16 10:11:22, 66.18 K
3樓2015-06-16 10:11:36
sunny11223
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還是請(qǐng)教前輩關(guān)于吸附量的問(wèn)題。之前看到一貼中g(shù)hcacj版主大神的回答也是，吸附量（mmol/g）=N/UC的值除以 吸附劑單包分子量，再乘以1000.和前輩是一致的。 請(qǐng)問(wèn)，如果我不是用的規(guī)整的MOFs結(jié)構(gòu)，比如我自己構(gòu)建了一個(gè)CaCO3層，從中間挖一個(gè)孔，進(jìn)行氣體吸附。此時(shí)，sorption中吸附量縱坐標(biāo)average loading（per cell）還可以按同樣的方式換算嗎？那么此時(shí)的單包分子量用最初導(dǎo)入的CaCO3單包的分子量？還是。？ |
4樓2015-06-16 16:42:38
pigrass
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sunny112235樓2015-06-16 17:00:48
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6樓2015-06-17 08:53:31
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經(jīng)過(guò)一段時(shí)間積累，回答一下這幾個(gè)問(wèn)題。 1，MS中的COMPASS力場(chǎng)加密的，可以從SUN的COMPASS文獻(xiàn)中看到部分參數(shù)。 2，如果用sorption來(lái)做GCMC過(guò)程的話，力場(chǎng)參數(shù)可以編輯，有些支持MS里的面板編輯（例DREIDING），像UFF的話只能編輯力場(chǎng)文件，在sorption中若是要編輯的力場(chǎng)參數(shù)同事滿足吸附劑與吸附質(zhì)的話，這兩者所需力場(chǎng)的勢(shì)函數(shù)必須是相同。 3，力場(chǎng)的選擇首先看自己的體系，參考相應(yīng)文獻(xiàn)。。 5，對(duì)于聯(lián)合原子的設(shè)定，個(gè)人認(rèn)為sorption中無(wú)法很好完成。對(duì)這類處理，推薦用其它方法。 6，n/percell=（n/吸附劑單包分子量 ）* 1000 mmol/g, 轉(zhuǎn)自其他大神 7.Sij=Xi Yi/Xj Yj ，sorption中的體相部分Xj Yj 指的是整個(gè)外界，這里用于計(jì)算Sij的話就沒(méi)作用了，個(gè)人這么認(rèn)為，不知對(duì)否。 8，吸附完后的擴(kuò)散可以用forcite或discover來(lái)跑 |
7樓2015-07-07 15:40:57
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