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sunny11223鐵桿木蟲 (著名寫手)
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[求助]
請教sorption（MS）問題，請大神幫助 已有1人參與
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小弟現(xiàn)在用MS中的sorption版塊做氣體吸附，遇到一些問題不是很明白，現(xiàn)在總結(jié)一下問題，請大神們幫助。萬分感謝。 1，MS中的COMPASS力場是不是加密的，無法看到其具體參數(shù)，無法修改。 2，見文獻(xiàn)中做GCMC氣體吸附，有些吸附劑和吸附質(zhì)會選擇不同力場，當(dāng)然他們可能使用bigmac或者music code等去模擬的。請問如果用sorption模擬的話，好像只能針對吸附劑選擇一個力場，這樣子的話是不是可以說sorption在這方面是局限的，是無法模擬出吸附劑與吸附質(zhì)需要不同力場的情況。 3，關(guān)于力場選擇。見文獻(xiàn)中氣體吸附一般用UFF，DREIING，首先請問為什么大部分都選這兩個力場，是因?yàn)榇肆鱿履M出來的結(jié)果與experimental data更對應(yīng)嗎？還是有別的原因。 4，關(guān)于力場修改。見有些文獻(xiàn)會把力場中的參數(shù)進(jìn)行修改，因?yàn)槭切率�，所以請教一下這個修改過程。拿UFF做個例子，請問是不是這樣：打開UFF的力場文件，把UFF力場中的某些參數(shù)進(jìn)行修改后另存為UFF2，進(jìn)行模擬的時候力場選擇UFF2即可。 5，關(guān)于吸附質(zhì)。見文獻(xiàn)中，CO2，N2定義為 three-site molecule，to account for the quadrupole moment. 請問模擬過程中如何定義CO2，N2這樣子的四級矩分子，像在sorption好中是沒有選項(xiàng)設(shè)置的，在music-code中會有選項(xiàng)編輯將CO2，N2設(shè)定為四級矩分子嗎？再比如說，CH4分子會被定義為united-atom，請問在sorption中怎樣實(shí)現(xiàn)這樣的定義（或者說在sorption中根本無法實(shí)現(xiàn)，只能在像music-code這樣子才能實(shí)現(xiàn)）？sorption中如何實(shí)現(xiàn)對氣體分子的這樣子的定義？ 6，對于sorption的吸附結(jié)果，縱坐標(biāo)為loading（percell），請問這里的單位是N/Unique cell ，還是mol/mol ,學(xué)習(xí)過論壇中的幾個帖子，有前輩說N/Unique cell就是mol/mol。請問sorption中這里的loading（percell）怎樣轉(zhuǎn)換成mmol/g. 7,關(guān)于混合氣體的吸附選擇性S的問題。Sij=Xi Yi/Xj Yj .請問sorption模擬的話，這里的分母Xj Yj 指的是哪一部分，作為體相濃度的話是不是就是整個敞開體系，那么計算Sij時，這里的Xj Yj就可忽略了，請問是這樣子理解嗎？ 8，見一些文獻(xiàn)模擬MOFs的breathing或者是flexible性能。請問，僅僅用MS模擬的話，此過程可不可以用sorption+discover（或forcite）來完成。 9，請大神們能否舉個例子比較一下sorption與music code等在模擬氣體吸附方面的具體差異，看過ghcacj大神的帖子，有過對music的詳細(xì)介紹。因?yàn)樾〉墁F(xiàn)在還沒有運(yùn)行過music，所以具體差異還不是很清楚。 10，用sorption來模擬氣體吸附，請問能否給出氣體在吸附劑表面的吸附狀態(tài)（比如說緊密程度，吸附密度是可以給出的這個知道），能否給出吸附劑與吸附質(zhì)分子的具體相互作用？ 因?yàn)樽罱恢痹谟胹orption，也是剛剛?cè)腴T不久，所以問題很多，請大神們指點(diǎn)。  |
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sunny11223
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經(jīng)過一段時間積累，回答一下這幾個問題。 1，MS中的COMPASS力場加密的，可以從SUN的COMPASS文獻(xiàn)中看到部分參數(shù)。 2，如果用sorption來做GCMC過程的話，力場參數(shù)可以編輯，有些支持MS里的面板編輯（例DREIDING），像UFF的話只能編輯力場文件，在sorption中若是要編輯的力場參數(shù)同事滿足吸附劑與吸附質(zhì)的話，這兩者所需力場的勢函數(shù)必須是相同。 3，力場的選擇首先看自己的體系，參考相應(yīng)文獻(xiàn)。。 5，對于聯(lián)合原子的設(shè)定，個人認(rèn)為sorption中無法很好完成。對這類處理，推薦用其它方法。 6，n/percell=（n/吸附劑單包分子量 ）* 1000 mmol/g, 轉(zhuǎn)自其他大神 7.Sij=Xi Yi/Xj Yj ，sorption中的體相部分Xj Yj 指的是整個外界，這里用于計算Sij的話就沒作用了，個人這么認(rèn)為，不知對否。 8，吸附完后的擴(kuò)散可以用forcite或discover來跑 |
7樓2015-07-07 15:40:57
pigrass
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
sunny11223(abinitio代發(fā)): 金幣+50, 感謝精彩應(yīng)助！ 2015-06-16 09:28:37
sunny11223: 金幣+10, ★★★很有幫助, 謝謝前輩的幫助 2015-06-16 16:32:04
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sunny11223(abinitio代發(fā)): 金幣+50, 感謝精彩應(yīng)助！ 2015-06-16 09:28:37
sunny11223: 金幣+10, ★★★很有幫助, 謝謝前輩的幫助 2015-06-16 16:32:04
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挑幾個我能回答的回答吧 1、compass在MS里是看不到參數(shù)的，你可以help里查下compass力場的文獻(xiàn)出處，或許文獻(xiàn)里會有。貌似lammps的安裝包里的classⅡ就是compass力場，那個好像能打開看 3、這個可以看看help里對一些力場的說明，有適用范圍的。Dreiding用過，算是比較簡單的力場，有些體系的效果還不錯的 The Dreiding forcefield has good coverage for organic, biological and main-group inorganic molecules. It is only moderately accurate for geometries, conformational energies, intermolecular binding energies and crystal packing. 4、大致思路是這樣的，如果你知道off或者lib力場文件的編寫規(guī)范，可以用ultraedit一類的軟件直接編輯；在MS里的話可以導(dǎo)入MS允許編輯的力場文件，forcefield manager可以直接修改力場文件。要注意力場文件使用的量綱。 6、N/per cell換算mmol/g N/阿伏伽德羅常數(shù)*1000=mmol 多孔骨架的分子量是在property explorer里看到的percell多孔骨架的質(zhì)量我覺得是等于 多孔骨架分子量/阿伏伽德羅常數(shù) 整理下 N*1000/骨架分子量=mmol/g 【這個最好找老師確認(rèn)下】 10、Predicting the loading of CH4 in zeolite MFI with Sorption里有作圖顯示哪里容易吸附，不知道是不是符合你的要求 |
2樓2015-06-16 09:22:41
pigrass
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lammps里的compass力場，可以拿記事本打開看 |
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2015-06-16 10:11:22, 66.18 K
3樓2015-06-16 10:11:36
sunny11223
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