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高斯做紫外吸光譜和熒光光譜的方法（不一定準確哈） 已有6人參與
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紫外吸收光譜和熒光光譜的做法（-我是這樣的，不一定準確，嘿嘿。） 一：紫外吸收光譜： 1：首先，需要用高斯來優(yōu)化基態(tài)的分子，就是普通的opt，我感覺高斯的用戶都應(yīng)該會，這事最簡單的一個，假如說優(yōu)化之后得到的文件為1.log（或者1.out）。 2：我們把1.log再次拖到高斯view中，再次保存成高斯輸入文件 2.gif。這時候，我們需要利用2.gjf來算的是基于基態(tài)結(jié)構(gòu)做的td文件，所以表頭應(yīng)該這樣寫：#p b3lyp/6-31g* td（nstates=20）當然這不一定準確，需要我們按照我們自己的要求進行修改，比如說我們的計算有溶劑，有溫度，有壓強，再比如有贗勢等等，這個需要自己再修改計算的表頭。假如說計算完之后，輸出的文件為2.log。那么在2.log里面我們會發(fā)現(xiàn)如下的輸出： Excitation energies and oscillator strengths: Excited State 1: Triplet-A 2.8450 eV 435.79 nm f=0.0000 <S**2>=2.000 209 -> 214 -0.13220 This state for optimization and/or second-order correction. Total Energy, E(TD-HF/TD-KS) = -2576.44057633 Copying the excited state density for this state as the 1-particle RhoCI density. Excited State 2: Triplet-A 2.8546 eV 434.33 nm f=0.0000 <S**2>=2.000 206 -> 214 0.10372 Excited State 3: Singlet-A 2.9106 eV 425.98 nm f=0.0269 <S**2>=0.000 212 -> 214 0.47207 213 -> 214 0.52044 Excited State 4: Singlet-A 2.9298 eV 423.19 nm f=0.0350 <S**2>=0.000 212 -> 214 0.51804 213 -> 214 -0.47391 Excited State 5: Triplet-A 3.0767 eV 402.98 nm f=0.0000 <S**2>=2.000 206 -> 215 0.22081 206 -> 216 -0.26880 206 -> 217 0.20657 Excited State 6: Triplet-A 3.0886 eV 401.42 nm f=0.0000 <S**2>=2.000 等等，一般在文件的4/5之處就能找到。 我計算的是td 50-50 所以說會有triplet的出現(xiàn)，這個沒事的。 3：有了2.log文件，我們可以把文件放到高斯view中，通過results—uv-vis看到紫外吸收光譜 4：如果更近一步的話，可以在做出了紫外吸收光譜圖之上，把鼠標放到我們高斯view看的圖像上的橫坐標上，右鍵—save data 保存數(shù)據(jù)，通過origin做出圖像。 （我一般采取這樣的方式） Ps：順帶說明一下，如果你采用的是第四部，那么保存出來的數(shù)據(jù)不是很多，可能需要我們把數(shù)據(jù)進行補充，需要用到一個展寬程序，程序很簡單，一看就懂，就是修改一下里面的初始波長，以及展寬等等。附件就是f90程序。 二：熒光光譜 1：熒光光譜需要的高斯計算文件就是優(yōu)化激發(fā)態(tài)的文件。其實如果對這個發(fā)光過程不太明白的話，可以先試試高斯手冊上自帶的熒光計算的粒子，但是，那個粒子里面考慮了溶劑的平衡效應(yīng)和非平衡效應(yīng)，如果我們要仔細研究的話，確實應(yīng)該是按照熒光手冊上的那七部來。 但是我這計算沒有考慮那么多。再就是熒光大部分都是從S1發(fā)出的，當然不排除高激發(fā)態(tài)的熒光，我這也是只說從s1發(fā)出的熒光。需要的高斯文件就是優(yōu)化s1的文件，#p b3lyp/6-31g* opt td 或者是opt td（singlet，root=1，nstates=20）等等，也是根據(jù)具體的情況我們在調(diào)劑，我感覺，優(yōu)化激發(fā)態(tài)很容易出錯，經(jīng)常出現(xiàn) you need sovle more …..等等，以及scf還有幾何結(jié)構(gòu)優(yōu)化的不收斂等等，調(diào)節(jié)的方式，別人已經(jīng)有總結(jié)了，我上研二上學(xué)期的時候，優(yōu)化四個算是比較大的分子，一直出現(xiàn)這個錯誤，我啥事也沒干，半年的時間就解決這個問題了，試了好多方式，最終解決了。 再就是，我還感覺一個問題就是，這個表頭寫的越簡單，越不容易出錯，就先只寫 opt td。 假如說優(yōu)化激發(fā)態(tài)的文件為1.gjf，計算輸出的文件為1.log 2：通過1.log我們會看到如下的輸出。 我的默認是3個，也就是沒寫nstates，如果想計算更多，可以寫上nsates=n。對了，寫到這里，我還突然想起來了，就是這個默認的三個，和增加nstates的時候，計算的輸出竟然不一樣，我當時也是很不理解，我在找個帖子問過。 http://ccc.keinsci.com/forum.php ... 1014&extra= 很感激sob大神的回復(fù)指點，現(xiàn)在好多人都去了他的論壇交流，而且，盧老師人很好，去上過他的課，一個優(yōu)點靦腆的大牛，很熱心，對你的問題一定會有解決的辦法。 Excited State 1: Singlet-A 2.7329 eV 453.68 nm f=0.0401 <S**2>=0.000 209 -> 214 -0.13558 213 -> 214 0.68419 This state for optimization and/or second-order correction. Total Energy, E(TD-HF/TD-KS) = -2573.61424900 Copying the excited state density for this state as the 1-particle RhoCI density. Excited State 2: Singlet-A 3.1823 eV 389.60 nm f=0.0872 <S**2>=0.000 206 -> 214 0.19196 207 -> 214 0.13463 Excited State 3: Singlet-A 3.5119 eV 353.04 nm f=0.0210 <S**2>=0.000 208 -> 214 0.24089 3：通過以上的計算文件，我們可以看到第一個excited就是我們要的熒光的波長。當然，你也可以把1.log，通過高斯view保存成2.gjf，然后在算個td得到 2.log，里面對應(yīng)的第一個的波長是一樣的。 4：如果想得到熒光光譜怎么辦？ 我當時看帖子，在sob的回復(fù)中看到了這樣的回復(fù)，我就保存下來了。如下圖。 3：我在重復(fù)一下sob老師的意思，我感覺就是把s1的振子強度保留，其余的都改為0.然后通過高斯view打開log文件，通過result—uv-vis看光譜，（和前面的吸收光譜一樣）。當然也可以保存數(shù)據(jù)，通過展寬程序在進行處理，和前面說的一樣。這就不贅述了。 上面就是做uv-vis和熒光光譜的方法。 如果說，保存了數(shù)據(jù)，通origin作圖，會遇到把吸收和發(fā)射的光譜放到一個圖像里面的問題，很多文章人家都這樣做，我當時是這樣處理的。這多虧了我張師姐和宋師姐，兩位師姐告訴了我。其實自己也能鼓搗出來，但是有師姐問問，快。哈哈哈 在這里我就不寫了，我當時學(xué)會了之后單獨自己總結(jié)了一個word，吸收圖像和發(fā)射圖像的畫法word，在附件中有，我們可以一起討論一下。 順帶推薦幾個我感覺比較好的帖子， http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=7985639 yjcmwgk大神寫的一個程序，能分析td文件，很方便。 http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=1742565&fpage=1 還是yjcmwgk大神的文章 http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=1514220&fpage=1 還是大神的文章。 我水平比較低，通過在小木蟲和計算化學(xué)公社得到了很多人的指點，上面是我這幾天做光譜是自己總結(jié)的一些東西，可能沒太有什么用，我也就是下午閑著沒事寫寫，咱們共同交流，共同進步。不正確的地方，還請指點，謝謝。 |
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- 附件 2 : 高斯優(yōu)化s1和t1的問題.doc
- 附件 3 : 畫吸圖像和發(fā)射圖像.doc
- 附件 4 : 激發(fā)態(tài)優(yōu)化出錯-you-need-solve-more.pdf
- 附件 5 : 先理解知識.doc
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
| 做熒光光譜要注意一個問題。吸收光譜、發(fā)射光譜的公式不一樣，不是簡單的常數(shù)換算關(guān)系。參見赫茲堡《分子光譜和分子結(jié)構(gòu)》（卷一）的公式I.48和I.53，兩者相差激發(fā)能的三次方。如果只考慮兩個態(tài)之間的熒光躍遷，激發(fā)能的三次方相當于一個換算因子，不改變發(fā)射光譜分布的形狀。但是不同激發(fā)態(tài)的熒光光譜不能直接做比較，即便乘上各自激發(fā)能的三次方也不行，因為它們還依賴于激發(fā)態(tài)的分布幾率。 |
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4樓2015-06-20 00:01:48
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我不是大神，哈哈哈。就是一個小菜鳥，這個word是我當時作圖的時候，師姐直接告訴我的，我就自己寫了些，我怕后面的師弟師妹再問我，我忘了，所以我就寫了個word，可能里面的語言是我自己的語言，順序不太對，但是我看明白，有問題咱們隨時交流，我給你穿上來，要是還不行，你留個郵箱。 |
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2015-06-20 11:43:13, 152 K
11樓2015-06-20 11:43:16
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對了，我吉林大學(xué)的一個網(wǎng)友，進上去剛剛交了我一個軟件的使用，就是做吸收和發(fā)射光譜，和好用。操作不算是很難，她交得我。我給你傳上來，你安裝一下試試，很好用，比我之前的方法好多了。所以說，我感覺學(xué)術(shù)這個東西就是多多交流，可能我會的你不會，你會的我不會，咱們一交流，都就會了。哈哈哈 |
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2015-06-20 11:45:58, 6.33 M
12樓2015-06-20 11:45:59
5樓2015-06-20 07:19:12
10樓2015-06-20 11:40:49
31樓2015-07-29 00:50:48
| 剛剛沒上傳f90?我在試試 |
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2015-06-19 18:01:59, 1.79 K
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6樓2015-06-20 09:06:38
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8樓2015-06-20 10:46:43
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32樓2015-07-29 09:55:14
smutao
超級版主
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40樓2015-11-07 06:00:54
49樓2016-01-12 19:49:29
簡單回復(fù)
czyzsu3樓
2015-06-19 22:19
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debai19樓
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[考研] 本科211總分289，08工學(xué)真心求調(diào)劑 +3 | utopiaE 2026-03-30 | 3/150 |
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[考研] 322求調(diào)劑 +10 | 宋明欣 2026-03-27 | 10/500 |
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[考研] 332求調(diào)劑 +6 | @MZB382400 2026-03-28 | 6/300 |
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[考研] 2026年華南師范大學(xué)歡迎化學(xué)，化工，生物，生醫(yī)工等專業(yè)優(yōu)秀學(xué)子加入！ +3 | llss0711 2026-03-28 | 6/300 |
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[考研] 11408軟件工程求調(diào)劑 +3 | Qiu學(xué)ing 2026-03-28 | 3/150 |
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[考研] 283求調(diào)劑 +7 | A child 2026-03-28 | 7/350 |
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[考研] 265求調(diào)劑 +8 | 小木蟲085600 2026-03-27 | 8/400 |
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