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shiling1813

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[求助] 如何在MS軟件中建立CO2分子模型？已有1人參與

大家好。我想問個(gè)初級(jí)問題：如何在MS軟件中建立CO2分子模型？

   我的目標(biāo)是在一個(gè)塊體區(qū)域建立50個(gè)CO2分子模型，然后跑分子動(dòng)力學(xué)。
   很慚愧，我剛學(xué)習(xí)化學(xué)知識(shí)，一個(gè)CO2分子模型也不知道怎么建立。
   看了MS幫助文件和論壇上的一些帖子，好像都是復(fù)雜的建模，沒看到這么初級(jí)的建模啊。
   各位前輩，能給俺個(gè)提示指導(dǎo)嗎？謝謝！

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1樓 2015-06-20 22:35:05

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3樓: Originally posted by shiling1813 at 2015-06-21 11:39:01
多謝！你的回答真是太有用了。我最近就試試。...

你好，問下這個(gè)怎么由附圖一變到附圖二，就是怎么由一個(gè)CO2分子變?yōu)槲迨畟€(gè)，附圖一中點(diǎn)run就直接運(yùn)行了，run右邊的三角點(diǎn)開還有建結(jié)構(gòu)的選項(xiàng)？

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5樓2015-06-21 16:45:47

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8樓: Originally posted by lalong8400 at 2015-07-12 10:46:14
樓主那你建立50個(gè)分子構(gòu)型之前，對(duì)于一個(gè)CO2分子不需要進(jìn)行結(jié)構(gòu)與能量?jī)?yōu)化么

需要對(duì)一個(gè)CO2分子進(jìn)行結(jié)構(gòu)與能量?jī)?yōu)化，我使用的是Dmol3模塊進(jìn)行優(yōu)化的。

但有個(gè)問題，我使用forcite進(jìn)行50個(gè)CO2分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算時(shí)，發(fā)現(xiàn)有些CO2分子的構(gòu)形不再是直線型的，鍵角之間的夾角不再是180度，我現(xiàn)在有些困惑啊，不知道是勢(shì)函數(shù)（我用的是compass勢(shì)）的問題，還是其它的問題？

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9樓2015-07-15 20:10:48

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shiling1813: 金幣+10, ★★★★★最佳答案 2015-06-21 11:55:20
fegg7502: 金幣+1, 鼓勵(lì)交流 2015-07-13 07:33:44

畫一個(gè)碳，連兩個(gè)氧，構(gòu)成CO2單體。
然后AC（Amorphous cell）模塊，構(gòu)建一個(gè)含有50個(gè)CO2的塊體。

附圖1.png

附圖2.png

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2樓2015-06-21 09:31:50

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2樓: Originally posted by 月只藍(lán) at 2015-06-21 09:31:50
畫一個(gè)碳，連兩個(gè)氧，構(gòu)成CO2單體。
然后AC（Amorphous cell）模塊，構(gòu)建一個(gè)含有50個(gè)CO2的塊體。

附圖1.png

附圖2.png
...

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3樓2015-06-21 11:39:01

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太好了，解決了我的問題。

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4樓2015-06-21 11:55:50

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5樓: Originally posted by 夢(mèng)夢(mèng)小呆 at 2015-06-21 16:45:47
你好，問下這個(gè)怎么由附圖一變到附圖二，就是怎么由一個(gè)CO2分子變?yōu)槲迨畟€(gè)，附圖一中點(diǎn)run就直接運(yùn)行了，run右邊的三角點(diǎn)開還有建結(jié)構(gòu)的選項(xiàng)？...

不好意思，剛抽出空回復(fù)你。
我最近試了試，好像需要先在AC（Amorphous cell）模塊中選constrution選項(xiàng)，然后再選50個(gè)周期單元即可。然后如果需要?jiǎng)恿W(xué)計(jì)算，可以選擇discover、forcite、或AC（Amorphous cell）模塊，均可。

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6樓2015-06-30 21:38:25

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6樓: Originally posted by shiling1813 at 2015-06-30 21:38:25
不好意思，剛抽出空回復(fù)你。
我最近試了試，好像需要先在AC（Amorphous cell）模塊中選constrution選項(xiàng)，然后再選50個(gè)周期單元即可。然后如果需要?jiǎng)恿W(xué)計(jì)算，可以選擇discover、forcite、或AC（Amorphous cell） ...

好的，謝謝

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7樓2015-06-30 22:57:01

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樓主那你建立50個(gè)分子構(gòu)型之前，對(duì)于一個(gè)CO2分子不需要進(jìn)行結(jié)構(gòu)與能量?jī)?yōu)化么

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8樓2015-07-12 10:46:14

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9樓: Originally posted by shiling1813 at 2015-07-15 20:10:48
需要對(duì)一個(gè)CO2分子進(jìn)行結(jié)構(gòu)與能量?jī)?yōu)化，我使用的是Dmol3模塊進(jìn)行優(yōu)化的。

但有個(gè)問題，我使用forcite進(jìn)行50個(gè)CO2分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算時(shí)，發(fā)現(xiàn)有些CO2分子的構(gòu)形不再是直線型的，鍵角之間的夾角不再是180度，我現(xiàn)在有 ...

我沒做過這個(gè)倒是，不過會(huì)不會(huì)是盒子設(shè)置問題呢

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lordwillforgiveme

10樓2015-07-17 09:30:16

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