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[交流]
系統(tǒng)發(fā)育樹相關
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| 最近在看新種鑒定的相關文獻，有個問題想請教相關的蟲友。我做的是真菌的鑒定，我查閱了最近幾年（2010-2015）的新種鑒定的文獻，這幾年的文獻中在構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹的時候，已經(jīng)不是單純運用ITS序列進行建樹，而是會將多個基因位點的序列整合到一起，然后用專業(yè)的發(fā)育樹軟件（PAUP）進行建樹。例如，將ITS,beta-tubulin，calmodulin這三個位點的基因整合到一起，用PAUP軟件建樹之后，從中選出最合適的樹。在這個過程當中，如何將這三個位點的基因整合到一起進行分析？還有用MrBayes軟件進行驗證，這個軟件具體又是怎么用呢？希望得到懂這方面的蟲友的耐心回復，謝謝！ |
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2樓2015-07-15 23:03:35
Fleaves
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3樓2015-07-16 00:18:14
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4樓2015-07-16 05:58:27
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5樓2015-07-16 08:24:29
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三條序列是否能夠整合，先要判斷一致性，一致性高，可以整合，就是三條序列串聯(lián)在一起分析； 采用MP法，PAUP最好；MrBaye 則是采用貝葉斯法，不同的方法需要不同的軟件分析，建議你先仔細分析你看到文獻內(nèi)容，研究他的分析方法，先重復他 的分析方法，然后再分析自己的數(shù)據(jù)~ 多讀一些這方面的書籍比較好。 推薦一本我在看的書《分子系統(tǒng)發(fā)生學》，黃原著~ |
7樓2015-07-17 12:15:50
8樓2015-07-17 21:55:25
9樓2015-07-19 17:16:59
10樓2015-07-19 17:21:00
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