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劉念1993

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如題，糾結(jié)了好久，NCBI BLAST，MEGA6 ，ClustalX2.1，相關(guān)的帖子看了很多了，還是沒(méi)有搞懂。求指導(dǎo)，身邊實(shí)在找不到做過(guò)這個(gè)的人了。參考了幾篇研究同一屬細(xì)菌的類似文獻(xiàn)，按照里面的方法做還是建立不出來(lái)常見(jiàn)的樹(shù)。標(biāo)準(zhǔn)菌株的序列在NCBI里面只會(huì)查全序列，很長(zhǎng)，怎么尋找標(biāo)準(zhǔn)菌株的16S rDNA啊。
謝謝��！

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1樓 2014-07-28 21:04:51

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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
dllchina: 金幣+1, 鼓勵(lì)應(yīng)助 2014-07-30 12:53:48

標(biāo)準(zhǔn)菌株請(qǐng)參考http://www.bacterio.net/bacillus.html

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2樓2014-07-28 21:15:16

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2樓: Originally posted by zhaozhibozhi at 2014-07-28 21:15:16
標(biāo)準(zhǔn)菌株請(qǐng)參考http://www.bacterio.net/bacillus.html

謝謝，這個(gè)網(wǎng)站之前在小木蟲(chóng)里有看過(guò)，標(biāo)準(zhǔn)菌株我之前在文獻(xiàn)中就找到了，現(xiàn)在想找它的16S rDNA序列，NCBI上下載的是它的全序列，不知道怎么辦嘞。

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3樓2014-07-28 21:18:24

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引用回帖:

3樓: Originally posted by 劉念1993 at 2014-07-28 21:18:24
謝謝，這個(gè)網(wǎng)站之前在小木蟲(chóng)里有看過(guò)，標(biāo)準(zhǔn)菌株我之前在文獻(xiàn)中就找到了，現(xiàn)在想找它的16S rDNA序列，NCBI上下載的是它的全序列，不知道怎么辦嘞。...

1. 這個(gè)網(wǎng)站里有標(biāo)準(zhǔn)菌株16S序列的鏈接；
2. NCBI里下載到的是全序列，意思是基因組序列？在序列顯示頁(yè)面，可以選擇基因組里任何一個(gè)基因的序列的。
3. 構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)時(shí)，如果是為了說(shuō)明系統(tǒng)分類，所有參考菌株一般都是選擇標(biāo)準(zhǔn)菌株或有文獻(xiàn)描述的菌株（分類地位已知）。

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4樓2014-07-30 10:19:50

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4樓: Originally posted by zhaozhibozhi at 2014-07-30 10:19:50
1. 這個(gè)網(wǎng)站里有標(biāo)準(zhǔn)菌株16S序列的鏈接；
2. NCBI里下載到的是全序列，意思是基因組序列？在序列顯示頁(yè)面，可以選擇基因組里任何一個(gè)基因的序列的。
3. 構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)時(shí)，如果是為了說(shuō)明系統(tǒng)分類，所有參考菌株一般 ...

請(qǐng)問(wèn)“在序列顯示頁(yè)面，可以選擇基因組里任何一個(gè)基因的序列的�！笨梢哉f(shuō)詳細(xì)一點(diǎn)或者截個(gè)圖嗎，沒(méi)找到在哪里可以選擇。我嘗試做了一下，幫忙看一下做的對(duì)不對(duì)可以嗎。

細(xì)菌16S rDNA測(cè)序結(jié)果有了，如何建立系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)啊，之前的貼子沒(méi)看懂。

圖片1.png

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5樓2014-07-31 14:05:39

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十分感謝！

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6樓2014-07-31 14:06:39

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劉念1993: 金幣+50, ★★★★★最佳答案, 非常感謝，終于理清楚了！ 2014-08-02 15:31:57

引用回帖:

5樓: Originally posted by 劉念1993 at 2014-07-31 14:05:39
請(qǐng)問(wèn)“在序列顯示頁(yè)面，可以選擇基因組里任何一個(gè)基因的序列的�！笨梢哉f(shuō)詳細(xì)一點(diǎn)或者截個(gè)圖嗎，沒(méi)找到在哪里可以選擇。我嘗試做了一下，幫忙看一下做的對(duì)不對(duì)可以嗎。

圖片1.png
...

以Acinetobacter baumannii ATCC 17978, complete genome為例，直接打開(kāi)頁(yè)面就可以找到“16S ribosomal RNA”處，點(diǎn)擊rRNA就可以打開(kāi)了（圖rRNA-complete genome）。

當(dāng)然，由于標(biāo)準(zhǔn)菌株DSM30007（Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 ）只有WGS序列（非complete genome），可以通過(guò)BLAST找到相應(yīng)片段。過(guò)程參考圖片（find 16s）。

見(jiàn)到更方便的方法，請(qǐng)分享一下哈

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rRNA-complete genome.jpg

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find 16s -wgs.jpg

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7樓2014-08-01 14:16:50

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迷茫殤夢(mèng)

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原諒菜鳥(niǎo)級(jí)別的看不懂，最近也在愁怎么建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)，那些介紹的軟件也都不會(huì)操作，請(qǐng)會(huì)做的幫幫忙16SrDNA已經(jīng)在NCBI對(duì)比過(guò)了，可是其他就不會(huì)了我在主題問(wèn)過(guò)了，可是都沒(méi)有人理我，因?yàn)槲覄傋?cè)，沒(méi)有金幣

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8樓2015-05-05 17:08:36

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8樓: Originally posted by 迷茫殤夢(mèng) at 2015-05-05 17:08:36

你有找到相關(guān)的文獻(xiàn)看下嗎，找一下一般都有的，然后你需要看MEGA的使用說(shuō)明，百度里面有，挺簡(jiǎn)單的，我當(dāng)初也是這樣學(xué)的。

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9樓2015-05-06 06:31:49

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lxb456900

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10樓2015-08-28 11:22:08

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