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劉念1993木蟲 (正式寫手)
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[求助]
細(xì)菌16S rDNA測(cè)序結(jié)果有了，如何建立系統(tǒng)發(fā)育樹啊，之前的貼子沒(méi)看懂。 已有1人參與
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如題，糾結(jié)了好久，NCBI BLAST，MEGA6 ，ClustalX2.1，相關(guān)的帖子看了很多了，還是沒(méi)有搞懂。求指導(dǎo)，身邊實(shí)在找不到做過(guò)這個(gè)的人了。參考了幾篇研究同一屬細(xì)菌的類似文獻(xiàn)，按照里面的方法做還是建立不出來(lái)常見的樹。標(biāo)準(zhǔn)菌株的序列在NCBI里面只會(huì)查全序列，很長(zhǎng)，怎么尋找標(biāo)準(zhǔn)菌株的16S rDNA啊。 謝謝��！ |
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劉念1993: 金幣+50, ★★★★★最佳答案, 非常感謝，終于理清楚了！ 2014-08-02 15:31:57
劉念1993: 金幣+50, ★★★★★最佳答案, 非常感謝，終于理清楚了！ 2014-08-02 15:31:57
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以Acinetobacter baumannii ATCC 17978, complete genome為例，直接打開頁(yè)面就可以找到“16S ribosomal RNA”處，點(diǎn)擊rRNA就可以打開了（圖rRNA-complete genome）。 當(dāng)然，由于標(biāo)準(zhǔn)菌株DSM30007（Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 ）只有WGS序列（非complete genome），可以通過(guò)BLAST找到相應(yīng)片段。過(guò)程參考圖片（find 16s）。 見到更方便的方法，請(qǐng)分享一下哈 rRNA-complete genome.jpg find 16s -wgs.jpg |
7樓2014-08-01 14:16:50
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| 標(biāo)準(zhǔn)菌株請(qǐng)參考http://www.bacterio.net/bacillus.html |
2樓2014-07-28 21:15:16
劉念1993
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3樓2014-07-28 21:18:24
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劉念19934樓2014-07-30 10:19:50
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