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紙鳶花金蟲 (正式寫手)
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[求助]
細菌全基因組測序中不同的scaffold如何處理
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剛剛接觸這方面知識，測了一個細菌的精細圖，回來后測序公司拼接成18個scaffold，想問問這些scaffold之間是什么關(guān)系，可能小的被包含在大的里嗎？因為還存在許多gap,我應(yīng)該如何處理這些scaffold呢？ 非常感謝了 |
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2009355147
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2樓2014-10-28 19:42:21
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4樓2014-10-29 09:17:50
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5樓2014-10-29 12:45:40
紙鳶花
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6樓2014-10-29 12:46:48
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7樓2014-10-29 13:10:31
8樓2014-10-29 13:36:42
朱多龍
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9樓2014-10-29 18:29:46
Bio_in
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kx444555: 金幣+4, 鼓勵交流 2014-10-30 11:30:57
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首先，你需要理解基因組組裝的名詞解釋Reads、Contig和Scaffold. 測序儀下機后的序列就是reads，reads通過overlap關(guān)系，組裝成Contig。 contig內(nèi)部是沒有g(shù)ap的，contig與contig之間通過mate-pair 庫確定順序，通過關(guān)系，將contig鏈接成scaffold，scaffold里面的contig與contig之間一般是由gap的，如果通過reads能填上，就少一些gap。但一般scaffold與scaffold之間的關(guān)系是不知道的，scaffold與scaffold之間的gap也是不知道的。你現(xiàn)在有18個scaffold，應(yīng)該也覆蓋了基因組的大部分，你完全可以用這個精細圖進行基因預(yù)測和注釋。 關(guān)鍵是你測序的目的，出于不同的目的，數(shù)據(jù)的分析方案也是不一樣的。 |
10樓2014-10-29 20:55:10
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