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紙鳶花金蟲 (正式寫手)
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[求助]
細菌全基因組測序中不同的scaffold如何處理
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剛剛接觸這方面知識，測了一個細菌的精細圖，回來后測序公司拼接成18個scaffold，想問問這些scaffold之間是什么關系，可能小的被包含在大的里嗎？因為還存在許多gap,我應該如何處理這些scaffold呢？ 非常感謝了 |
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2009355147
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首先，你需要理解基因組組裝的名詞解釋Reads、Contig和Scaffold. 測序儀下機后的序列就是reads，reads通過overlap關系，組裝成Contig。 contig內(nèi)部是沒有gap的，contig與contig之間通過mate-pair 庫確定順序，通過關系，將contig鏈接成scaffold，scaffold里面的contig與contig之間一般是由gap的，如果通過reads能填上，就少一些gap。但一般scaffold與scaffold之間的關系是不知道的，scaffold與scaffold之間的gap也是不知道的。你現(xiàn)在有18個scaffold，應該也覆蓋了基因組的大部分，你完全可以用這個精細圖進行基因預測和注釋。 關鍵是你測序的目的，出于不同的目的，數(shù)據(jù)的分析方案也是不一樣的。 |
10樓2014-10-29 20:55:10
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