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大家對(duì)微生物測(cè)過(guò)全基因組嘛？進(jìn)來(lái)討論一下吧~ 已有3人參與
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我們團(tuán)隊(duì)要對(duì)一株菌測(cè)全基因組，已經(jīng)咨詢過(guò)幾家測(cè)序公司，不知道選哪一家的，拋開價(jià)格的問(wèn)題，還有什么指標(biāo)可以作為選擇他們測(cè)序的依據(jù)呢？ |
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2樓2014-06-04 08:59:09
3樓2014-06-04 22:15:53
growlywolf
金蟲 (小有名氣)
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測(cè)序技術(shù)都差不多，看后期服務(wù)了。 我印象中華大前年號(hào)稱開發(fā)了一種微生物基因組拼接的新算法。 不過(guò)華大家大業(yè)大，有時(shí)候也許會(huì)有點(diǎn)店大欺客的感覺，對(duì)微生物測(cè)序這種小單子的個(gè)性化服務(wù)可能沒(méi)有其他公司好。 |
4樓2014-06-05 08:40:25
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happy6
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| 對(duì)于微生物基因組測(cè)序，根據(jù)測(cè)的的基因組序列的完整與否，所用的測(cè)序策略也會(huì)不同，可以用Illumina測(cè)序平臺(tái)不同插入片段大小的文庫(kù)，最后用3730測(cè)序補(bǔ)gap；或者用Illumina平臺(tái)結(jié)合Pacbio測(cè)序平臺(tái)，如果要得到全部的基因組序列，即細(xì)菌的所有的基因組序列都測(cè)出來(lái)了，那么就看測(cè)出的序列拼接結(jié)果正確與否，可以進(jìn)行后期驗(yàn)證。如果不是完整的序列的話，就可以看一下拼接序列的長(zhǎng)度如何，一般用scaffoldN50或者ContigN50的指標(biāo)進(jìn)行評(píng)估，另外一個(gè)指標(biāo)就是scaffold的數(shù)目。我知道的，除了華大，美吉生物、派森諾應(yīng)該都提供微生物基因組測(cè)序服務(wù)的，樓主可以多咨詢一些公司。對(duì)于一株菌的話，除了常規(guī)的拼接組裝之后，基因注釋，基因組全圖繪制等，可以做一些同源基因分析、共線性分析等比較基因組學(xué)的分析內(nèi)容，當(dāng)然這些需要提供參考基因組序列。 |
7樓2014-06-06 16:17:59
8樓2014-06-07 10:19:55
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