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[求助]
大家對微生物測過全基因組嘛？進來討論一下吧~ 已有3人參與
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我們團隊要對一株菌測全基因組，已經(jīng)咨詢過幾家測序公司，不知道選哪一家的，拋開價格的問題，還有什么指標(biāo)可以作為選擇他們測序的依據(jù)呢？ |
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happy6
木蟲 (著名寫手)
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| 對于微生物基因組測序，根據(jù)測的的基因組序列的完整與否，所用的測序策略也會不同，可以用Illumina測序平臺不同插入片段大小的文庫，最后用3730測序補gap；或者用Illumina平臺結(jié)合Pacbio測序平臺，如果要得到全部的基因組序列，即細菌的所有的基因組序列都測出來了，那么就看測出的序列拼接結(jié)果正確與否，可以進行后期驗證。如果不是完整的序列的話，就可以看一下拼接序列的長度如何，一般用scaffoldN50或者ContigN50的指標(biāo)進行評估，另外一個指標(biāo)就是scaffold的數(shù)目。我知道的，除了華大，美吉生物、派森諾應(yīng)該都提供微生物基因組測序服務(wù)的，樓主可以多咨詢一些公司。對于一株菌的話，除了常規(guī)的拼接組裝之后，基因注釋，基因組全圖繪制等，可以做一些同源基因分析、共線性分析等比較基因組學(xué)的分析內(nèi)容，當(dāng)然這些需要提供參考基因組序列。 |
7樓2014-06-06 16:17:59
2樓2014-06-04 08:59:09
3樓2014-06-04 22:15:53
growlywolf
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4樓2014-06-05 08:40:25
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