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yanbi1銅蟲 (初入文壇)
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[求助]
26s rDNA系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建
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| 我這方面是個菜鳥，完全不懂，身邊的人做的是細菌的16s rDNA的發(fā)育樹，我做的是真菌的26s rDNA D1/D2區(qū)的鑒定，這兩種之間有什么不同的地方，可以照著16s的做么，有什么參數(shù)是要改的么？我在第一步搜索序列上就卡住了，先是在BLAST的Basic BLAST中選擇nucleotide blast后，在選擇Database時不知道該選擇哪一個了，16S有專門的16s，那我該選擇哪一個呢？？我和16S有什么地方 不同，哪里需要改動呢，勞大家?guī)兔α耍? |
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yanbi1
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2樓2013-04-10 20:41:40
【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
wizardfan: 金幣+3, 謝謝分享經(jīng)驗 2013-04-12 07:17:26
yanbi1: 金幣+20, ★★★★★最佳答案, 非常感謝你的幫助 other的下面也有很多數(shù)據(jù)庫的選項 選擇哪個呢？？ 2013-04-12 19:54:56
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Database里面選擇other。 細菌和真菌在比對的時候是一樣的。所有選項都一樣，只是序列一個是細菌的一個是真菌的。最后比對出來都是你的序列對位相似的序列。 細菌16S和真菌26S都是細菌和真菌特有的基因序列。研究細菌的話針對16S來研究。真菌26S，當(dāng)然也可以是18S或ITS。 |
3樓2013-04-11 09:15:34
wizardfan
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yanbi14樓2013-04-12 07:20:37
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6樓2013-04-13 08:11:40
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7樓2013-04-13 19:59:15
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