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yanbi1銅蟲 (初入文壇)
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[求助]
26s rDNA系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建
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| 我這方面是個(gè)菜鳥，完全不懂，身邊的人做的是細(xì)菌的16s rDNA的發(fā)育樹，我做的是真菌的26s rDNA D1/D2區(qū)的鑒定，這兩種之間有什么不同的地方，可以照著16s的做么，有什么參數(shù)是要改的么？我在第一步搜索序列上就卡住了，先是在BLAST的Basic BLAST中選擇nucleotide blast后，在選擇Database時(shí)不知道該選擇哪一個(gè)了，16S有專門的16s，那我該選擇哪一個(gè)呢？？我和16S有什么地方 不同，哪里需要改動(dòng)呢，勞大家?guī)兔α耍? |
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yanbi1
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2樓2013-04-10 20:41:40
【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
wizardfan: 金幣+3, 謝謝分享經(jīng)驗(yàn) 2013-04-12 07:17:26
yanbi1: 金幣+20, ★★★★★最佳答案, 非常感謝你的幫助 other的下面也有很多數(shù)據(jù)庫的選項(xiàng) 選擇哪個(gè)呢？？ 2013-04-12 19:54:56
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yanbi1: 金幣+20, ★★★★★最佳答案, 非常感謝你的幫助 other的下面也有很多數(shù)據(jù)庫的選項(xiàng) 選擇哪個(gè)呢？？ 2013-04-12 19:54:56
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Database里面選擇other。 細(xì)菌和真菌在比對的時(shí)候是一樣的。所有選項(xiàng)都一樣，只是序列一個(gè)是細(xì)菌的一個(gè)是真菌的。最后比對出來都是你的序列對位相似的序列。 細(xì)菌16S和真菌26S都是細(xì)菌和真菌特有的基因序列。研究細(xì)菌的話針對16S來研究。真菌26S，當(dāng)然也可以是18S或ITS。 |
3樓2013-04-11 09:15:34
wizardfan
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yanbi14樓2013-04-12 07:20:37
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5樓2013-04-12 19:56:15
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7樓2013-04-13 19:59:15
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