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劉念1993木蟲 (正式寫手)
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細菌16S rDNA測序結(jié)果有了，如何建立系統(tǒng)發(fā)育樹啊，之前的貼子沒看懂。 已有1人參與
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如題，糾結(jié)了好久，NCBI BLAST，MEGA6 ，ClustalX2.1，相關(guān)的帖子看了很多了，還是沒有搞懂。求指導，身邊實在找不到做過這個的人了。參考了幾篇研究同一屬細菌的類似文獻，按照里面的方法做還是建立不出來常見的樹。標準菌株的序列在NCBI里面只會查全序列，很長，怎么尋找標準菌株的16S rDNA啊。 謝謝��！ |
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2樓2014-07-28 21:15:16
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劉念1993: 金幣+50, ★★★★★最佳答案, 非常感謝，終于理清楚了！ 2014-08-02 15:31:57
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以Acinetobacter baumannii ATCC 17978, complete genome為例，直接打開頁面就可以找到“16S ribosomal RNA”處，點擊rRNA就可以打開了（圖rRNA-complete genome）。 當然，由于標準菌株DSM30007（Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 ）只有WGS序列（非complete genome），可以通過BLAST找到相應片段。過程參考圖片（find 16s）。 見到更方便的方法，請分享一下哈 rRNA-complete genome.jpg find 16s -wgs.jpg |
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