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jerkwin專(zhuān)家顧問(wèn) (正式寫(xiě)手)
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[交流]
繪制反應(yīng)機(jī)理勢(shì)能面的小工具 已有6人參與
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在使用量子化學(xué)計(jì)算反應(yīng)機(jī)理的論文中, 經(jīng)常需要繪制反應(yīng)的勢(shì)能面(或稱(chēng)勢(shì)能剖面圖). 我以前也做過(guò)從頭算方面的工作, 曾經(jīng)寫(xiě)了一個(gè)Fortran小程序用來(lái)幫助繪制勢(shì)能面. 主要思路是給出各個(gè)反應(yīng)物種的能量及相對(duì)位置, 然后使用程序生成Origin的數(shù)據(jù)文件, 將數(shù)據(jù)文件導(dǎo)入Origin就可以直接繪出勢(shì)能面了. 現(xiàn)在我基本已經(jīng)不再做從頭算方面的工作了, 所以這個(gè)小程序已經(jīng)很長(zhǎng)時(shí)間未用了, 一直躺在我電腦的某個(gè)文件夾中. 可時(shí)不時(shí)地, 我還會(huì)看到有人請(qǐng)教有了計(jì)算結(jié)果之后如何畫(huà)反應(yīng)的勢(shì)能面. 網(wǎng)上給出的答案有ChemDraw, Origin甚至PowerPoint. 當(dāng)然, 如果你有閑情逸致, 用Windows自帶的畫(huà)圖軟件也是可以做出很漂亮的圖的. 但那不是我喜歡的方式. 既然我已經(jīng)不再畫(huà)勢(shì)能面了, 這個(gè)小程序放在我這里也就沒(méi)多大用處了. 所以, 我就花了點(diǎn)時(shí)間, 將其改造成了一個(gè)網(wǎng)上的在線(xiàn)工具, 你可以在直接在瀏覽器中編輯控制文件, 然后看到繪制效果. 程序還會(huì)給出用于Origin的數(shù)據(jù)文件, 將其導(dǎo)入Origin就可以使用Origin作圖了. 我現(xiàn)在將這個(gè)小工具放在這里, 希望能對(duì)那些需要繪制勢(shì)能面的人有所幫助. 網(wǎng)址: http://jerkwin.github.io/2015/07 ... %E5%B7%A5%E5%85%B7/ |
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