三與七之間

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[求助] 運(yùn)行PAMLX出現(xiàn)了問(wèn)題，求教~~~ 已有1人參與

如下圖，我首先將PAML4.8放在了PAMLX文件夾下，然后找了PAML4.8文件夾下的example里的一個(gè)例子，將例子中的序列對(duì)比文件（*.phy)，樹(shù)文件(*.tree)以及codeml.ctl一起放在了bin文件夾里(此文件夾中原本就有condeml.exe)，之后從PAMLX-tool-configuration里設(shè)置了路徑，input序列對(duì)比文件以及樹(shù)文件,最后在pamlx文件夾下建立了一個(gè)outfile 文件夾，然后點(diǎn)run開(kāi)始運(yùn)行，但是總是運(yùn)行一段就再也不往下運(yùn)行了（運(yùn)行到最后一張圖的狀態(tài)就不再動(dòng)了），這是為什么呢？？求大俠們幫幫小妹啦~~~

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1樓 2015-07-18 10:49:48

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wizardfan

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7樓: Originally posted by 三與七之間 at 2015-07-24 21:12:03
謝謝你，那大俠還記不記得參數(shù)設(shè)置��？比如我要做鳥(niǎo)類的某個(gè)基因的正選擇位點(diǎn)分析，大概選出了14個(gè)物種，其中的參數(shù)要怎么設(shè)比較好呀~~~~大俠幫幫我~~...

看說(shuō)明文檔啊，就記得選了幾個(gè)不同的模型同時(shí)做的。

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8樓2015-07-25 07:09:39

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剛剛發(fā)現(xiàn)它又往下動(dòng)了動(dòng)，但是真的是過(guò)了好久之后才運(yùn)行了一點(diǎn)，，，，，好慢，是不是我設(shè)置的有問(wèn)題啊

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2樓2015-07-18 10:56:35

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3樓2015-07-19 15:13:46

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【答案】應(yīng)助回帖

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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
myprayer: 金幣+1, 贈(zèng)人玫瑰，手有余香，分子生物期待您更多精彩。 2015-07-25 20:02:06
三與七之間: 金幣+10, ★★★很有幫助 2015-07-26 15:59:27

只要還在運(yùn)行，就沒(méi)有關(guān)系。
codeml的運(yùn)行時(shí)間和你多序列比對(duì)的序列長(zhǎng)度和數(shù)目有關(guān)系，我有運(yùn)行過(guò)2個(gè)多星期的。
這個(gè)圖形界面沒(méi)什么用，還是直接在命令行下面直接運(yùn)行比較好，如果有cluster的話，速度還可以更快

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4樓2015-07-20 01:04:07

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4樓: Originally posted by wizardfan at 2015-07-20 01:04:07
只要還在運(yùn)行，就沒(méi)有關(guān)系。
codeml的運(yùn)行時(shí)間和你多序列比對(duì)的序列長(zhǎng)度和數(shù)目有關(guān)系，我有運(yùn)行過(guò)2個(gè)多星期的。
這個(gè)圖形界面沒(méi)什么用，還是直接在命令行下面直接運(yùn)行比較好，如果有cluster的話，速度還可以更快

恩恩，我明白了，謝謝，不過(guò)我還有個(gè)問(wèn)題想請(qǐng)教。我運(yùn)行的時(shí)候總有# seqs in tree file does not match. Read as the nexus format.這種提示，但是能夠運(yùn)行出結(jié)果，這是什么原因��？是樹(shù)有問(wèn)題嗎？

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5樓2015-07-23 15:30:01

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5樓: Originally posted by 三與七之間 at 2015-07-23 15:30:01
恩恩，我明白了，謝謝，不過(guò)我還有個(gè)問(wèn)題想請(qǐng)教。我運(yùn)行的時(shí)候總有# seqs in tree file does not match. Read as the nexus format.這種提示，但是能夠運(yùn)行出結(jié)果，這是什么原因�。渴菢�(shù)有問(wèn)題嗎？...

好久不弄這個(gè)，也記不清楚了，只記得我的文件格式就是nexus，因?yàn)槲沂怯肞AUP 分析的。你可以看下例子http://paup.csit.fsu.edu/nfiles.html，格式說(shuō)明http://hydrodictyon.eeb.uconn.ed ... etics:_NEXUS_Format， NEXUS里的序列按3個(gè)堿基一組排列，比如 AGC GCC GCT ATT

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6樓2015-07-24 08:55:59

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6樓: Originally posted by wizardfan at 2015-07-24 08:55:59
好久不弄這個(gè)，也記不清楚了，只記得我的文件格式就是nexus，因?yàn)槲沂怯肞AUP 分析的。你可以看下例子http://paup.csit.fsu.edu/nfiles.html，格式說(shuō)明http://hydrodictyon.eeb.uconn.edu/eebedia/index.php/Phylog ...

謝謝你，那大俠還記不記得參數(shù)設(shè)置��？比如我要做鳥(niǎo)類的某個(gè)基因的正選擇位點(diǎn)分析，大概選出了14個(gè)物種，其中的參數(shù)要怎么設(shè)比較好呀~~~~大俠幫幫我~~

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7樓2015-07-24 21:12:03

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8樓: Originally posted by wizardfan at 2015-07-25 07:09:39
看說(shuō)明文檔啊，就記得選了幾個(gè)不同的模型同時(shí)做的。...

恩恩，我現(xiàn)在已經(jīng)研究出些眉目了，只是還是有不明白的地方，就是ncatG這個(gè)參數(shù)，我查資料是這么說(shuō)的：變化的 ncatG被用來(lái)指定在一些特定的模型下的w分布的類型的數(shù)目。如果使用NSsites執(zhí)行多個(gè)模型，ncatG的參數(shù)也需要重新設(shè)置。

啥叫w分布的類型的數(shù)目？？

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9樓2015-07-25 16:01:11

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【答案】應(yīng)助回帖

進(jìn)化可以簡(jiǎn)單分成3種，有益，有害，和中性。有的理論是大部分都是中性的，少部分是有益，有害的。印象中這個(gè)w分布就是描述這個(gè)有益/中性比例的

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10樓2015-07-27 20:57:49

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