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[求助]
運(yùn)行PAMLX出現(xiàn)了問題，求教~~~ 已有1人參與
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如下圖，我首先將PAML4.8放在了PAMLX文件夾下，然后找了PAML4.8文件夾下的example里的一個(gè)例子，將例子中的序列對(duì)比文件（*.phy)，樹文件(*.tree)以及codeml.ctl一起放在了bin文件夾里(此文件夾中原本就有condeml.exe)，之后從PAMLX-tool-configuration里設(shè)置了路徑，input序列對(duì)比文件以及樹文件,最后在pamlx文件夾下建立了一個(gè)outfile 文件夾，然后點(diǎn)run開始運(yùn)行，但是總是運(yùn)行一段就再也不往下運(yùn)行了（運(yùn)行到最后一張圖的狀態(tài)就不再動(dòng)了），這是為什么呢？？求大俠們幫幫小妹啦~~~ a.png b.png 1.png 2.jpg 4.jpg 3.png |
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wizardfan
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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只要還在運(yùn)行，就沒有關(guān)系。 codeml的運(yùn)行時(shí)間和你多序列比對(duì)的序列長(zhǎng)度和數(shù)目有關(guān)系，我有運(yùn)行過2個(gè)多星期的。 這個(gè)圖形界面沒什么用，還是直接在命令行下面直接運(yùn)行比較好，如果有cluster的話，速度還可以更快 |
4樓2015-07-20 01:04:07
2樓2015-07-18 10:56:35
5樓2015-07-23 15:30:01
wizardfan
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好久不弄這個(gè)，也記不清楚了，只記得我的文件格式就是nexus，因?yàn)槲沂怯肞AUP 分析的。你可以看下例子http://paup.csit.fsu.edu/nfiles.html，格式說明http://hydrodictyon.eeb.uconn.ed ... etics:_NEXUS_Format， NEXUS里的序列按3個(gè)堿基一組排列，比如 AGC GCC GCT ATT |
6樓2015-07-24 08:55:59
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