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北京石油化工學(xué)院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

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as23p

木蟲 (小有名氣)

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[求助] IndexError: list index out of range，因為蛋白質(zhì)過大？已有1人參與

剛剛想用 autodock4.2.6 算算ceruloplasmin，pdb文件請見附件，然后生成pdbqt時顯示：
Traceback (most recent call last):
  File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24/prepare_receptor4.py", line 179, in <module>
dict=dictionary)
  File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/MoleculePreparation.py", line 560, in __init__
version=version, delete_single_nonstd_residues=delete_single_nonstd_residues)
  File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/MoleculePreparation.py", line 126, in __init__
self.repairMol(mol, self.repair_type_list)
  File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/MoleculePreparation.py", line 176, in repairMol
self.newHs = self.addHydrogens(mol)
  File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/MoleculePreparation.py", line 189, in addHydrogens
HB.addHydrogens(mol)
  File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/MolKit/hydrogenBuilder.py", line 81, in addHydrogens
hat = AddHydrogens().addHydrogens(mol.allAtoms, method=self.method)
  File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/PyBabel/addh.py", line 92, in addHydrogens
Hatoms = self.place_hydrogens1(atoms, num_H_to_add)
  File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/PyBabel/addh.py", line 149, in place_hydrogens1
Hat = Hat + self.add_methyl_hydrogen(a, SP3_O_H_DIST)
  File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/PyBabel/addh.py", line 303, in add_methyl_hydrogen
c3 = atom2.bonds[1].atom1.coords
  File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/lib/python2.5/UserList.py", line 28, in __getitem__
def __getitem__(self, i): return self.data
IndexError: list index out of range
是什么原因呢？
這個蛋白質(zhì)很大，有一千多residue，是因為太大了嗎？我把999以后的基團(tuán)全刪了就沒這個錯誤了，但不想這么干，請問有沒有別的辦法？
因為我估計是autodock無法讀取四位數(shù)的index，不知是不是這個原因，以及能不能改？

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附件 1 : cerulo.pdb

2015-07-24 15:22:27, 652.73 K

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1樓 2015-07-24 15:27:42

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藍(lán)洋飄雪

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您好，我想問您一下，用Autodock 進(jìn)行分子對接，如何選定要對接的區(qū)域?懇請您能幫幫忙！非常感謝

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人生如茶，不會苦一輩子，但會苦一陣子！

2樓2015-07-24 16:46:43

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引用回帖:

2樓: Originally posted by 藍(lán)洋飄雪 at 2015-07-24 16:46:43
您好，我想問您一下，用Autodock 進(jìn)行分子對接，如何選定要對接的區(qū)域?懇請您能幫幫忙！非常感謝

起始位置基本上是用眼看的，然后把盒子盡量做大

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3樓2015-07-24 17:08:45

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pymol

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【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

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4樓2015-07-25 11:03:47

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引用回帖:

4樓: Originally posted by pymol at 2015-07-25 11:03:47
換一個版本試試，用1.5.6

就是用的1.5.6

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5樓2015-07-25 11:31:33

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★
月只藍(lán): 金幣+2, 感謝指導(dǎo)！ 2015-07-28 10:51:53

引用回帖:

5樓: Originally posted by as23p at 2015-07-25 11:31:33
就是用的1.5.6...

沒有問題的，是不是你的路徑中有中文？

IndexError: list index out of range，因為蛋白質(zhì)過大？

1.png

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6樓2015-07-25 19:22:37

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6樓: Originally posted by pymol at 2015-07-25 19:22:37
沒有問題的，是不是你的路徑中有中文？

1.png
...

沒有中文。。。問題是出在加氫的時候，莫非你的可以順利生成 pdbqt 文件？

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7樓2015-07-26 13:23:23

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★ ★
月只藍(lán): 金幣+2, 感謝分享問題解決方案！ 2015-07-28 10:51:59
月只藍(lán): 回帖置頂 2015-07-28 10:52:02

找到原因了，看起來是分子內(nèi)結(jié)晶水和O2造成的問題。。。

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8樓2015-07-28 10:07:18

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小小zxx

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引用回帖:

8樓: Originally posted by as23p at 2015-07-28 10:07:18
找到原因了，看起來是分子內(nèi)結(jié)晶水和O2造成的問題。。。

樓主請問最后這個問題您是怎么解決的謝謝

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9樓2016-12-04 16:11:09

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