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as23p木蟲 (小有名氣)
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[求助]
IndexError: list index out of range，因?yàn)榈鞍踪|(zhì)過大？ 已有1人參與
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剛剛想用 autodock4.2.6 算算ceruloplasmin，pdb文件請見附件，然后生成pdbqt時(shí)顯示： Traceback (most recent call last): File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24/prepare_receptor4.py", line 179, in <module> dict=dictionary) File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/MoleculePreparation.py", line 560, in __init__ version=version, delete_single_nonstd_residues=delete_single_nonstd_residues) File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/MoleculePreparation.py", line 126, in __init__ self.repairMol(mol, self.repair_type_list) File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/MoleculePreparation.py", line 176, in repairMol self.newHs = self.addHydrogens(mol) File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/MoleculePreparation.py", line 189, in addHydrogens HB.addHydrogens(mol) File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/MolKit/hydrogenBuilder.py", line 81, in addHydrogens hat = AddHydrogens().addHydrogens(mol.allAtoms, method=self.method) File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/PyBabel/addh.py", line 92, in addHydrogens Hatoms = self.place_hydrogens1(atoms, num_H_to_add) File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/PyBabel/addh.py", line 149, in place_hydrogens1 Hat = Hat + self.add_methyl_hydrogen(a, SP3_O_H_DIST) File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/PyBabel/addh.py", line 303, in add_methyl_hydrogen c3 = atom2.bonds[1].atom1.coords File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/lib/python2.5/UserList.py", line 28, in __getitem__ def __getitem__(self, i): return self.data IndexError: list index out of range 是什么原因呢？ 這個(gè)蛋白質(zhì)很大，有一千多residue，是因?yàn)樘罅藛�？我�?99以后的基團(tuán)全刪了就沒這個(gè)錯(cuò)誤了，但不想這么干，請問有沒有別的辦法？ 因?yàn)槲夜烙?jì)是autodock無法讀取四位數(shù)的index，不知是不是這個(gè)原因，以及能不能改？ |
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2015-07-24 15:22:27, 652.73 K
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