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xiaopang-2新蟲 (初入文壇)
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[交流]
緊急求助，CS系列擬南芥突變體純合鑒定引物設(shè)計問題
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最近在Tair網(wǎng)站上購買了三個擬南芥突變體，序列號為CS8539，CS8540，CS6505，不知哪位高手能指教一下如何設(shè)計引物鑒定純合，看到網(wǎng)上有人說CS系列不用鑒定，但是發(fā)現(xiàn)每種突變體的苗子的表型都有不一致的，應(yīng)該是有必要做一下鑒定吧！請懂這方面的高手不吝賜教，著急 |
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2樓2015-07-27 15:14:55
zhenwuhuang
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3樓2015-07-27 15:38:36
xiaopang-2
新蟲 (初入文壇)
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??? |
4樓2015-07-27 17:38:58
★ ★ ★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
西門吹雪170: 金幣+2, 鼓勵回帖交流 2015-07-27 21:52:46
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
西門吹雪170: 金幣+2, 鼓勵回帖交流 2015-07-27 21:52:46
| CS系列突變體是點突變，根據(jù)TAIR網(wǎng)站上的信息找到突變位點及突變位點前后的序列，看突變的堿基是否在兩種基因型間產(chǎn)生酶切位點變化，如果有，那就設(shè)計引物做PCR，然后酶切，根據(jù)電泳結(jié)果判斷是否純合；如果沒有，使用dCAPS在線工具設(shè)計引物引入酶切位點，后續(xù)方法和之前一樣。小木蟲中有很多類似的帖子，你可以查下，我之前也詳細(xì)回復(fù)過類似問題，你自己查吧。 |
5樓2015-07-27 18:24:32
xiaopang-2
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6樓2015-07-27 22:51:56
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
xiaopang-2: 金幣+10 2015-07-28 14:19:30
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xiaopang-2: 金幣+10 2015-07-28 14:19:30
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的確沒有找到，而且看TAIR上的介紹，這幾個突變體都是T-DNA插入突變。只能根據(jù)TAIR網(wǎng)站上突變體信息查原始文獻了。比如scr-1、scr-2突變體插入位置在文獻The SCARECROW Gene Regulates an Asymmetric Cell Division That Is Essential for Generating the Radial Organization of the Arabidopsis Root中可以查到，分別位于密碼子470、605處。scr-4應(yīng)該在文獻中也能查到。如果是T-DNA插入，那就按檢測T-DNA的方法做，在插入位點兩側(cè)設(shè)計引物擴增，根據(jù)擴增產(chǎn)物片段類型、大小來判斷是純合還是雜合。 |
7樓2015-07-28 00:27:12
阿Q~~
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8樓2015-07-28 05:36:23
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9樓2015-07-28 14:18:55
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