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對天空說lrj金蟲 (正式寫手)
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[求助]
Nose-Hoover 熱浴控溫，lammps來講就是指的fix nvt 吧？為什么溫度會大增導(dǎo)致原子丟失 已有6人參與
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我做熱導(dǎo)率想先按照文獻(xiàn)的方法模擬一遍驗證自己的程序?qū)Σ粚Γ瑩?jù)文獻(xiàn)里的表述“前50 萬步，將整個系統(tǒng)置于NVE 系綜中，對上下固壁和液體區(qū)域分別使用溫度/速度調(diào)節(jié)法使系統(tǒng)在100 K 下達(dá)到平衡狀態(tài)。后500 萬步，利用Nose-Hoover 熱浴來對上下固壁分別進(jìn)行控溫，給液體區(qū)域沿y 向施加一個溫度梯度.” 對于上面描述的控溫我使用如下的命令 fix NVE all nve fix 2 all temp/rescale 100 100 100 0.1 1.0 run 500000 unfix 2 fix NHlo Plow nvt temp 110 110 100 fix NHhi Pup nvt temp 90 90 100 run 5000000 第二個run的時候我沒有對液相進(jìn)行任何控溫，Nose-Hoover 熱浴控溫，對于lammps來講就是指的fix nvt 吧？但是這樣運(yùn)行之后前面還有nve,體系的溫度就會不斷增加，最后丟失原子，麻煩前輩看看我的問題出在哪里？ |
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【答案】應(yīng)助回帖
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我做熱導(dǎo)率想先按照文獻(xiàn)的方法模擬一遍驗證自己的程序?qū)Σ粚�，�?jù)文獻(xiàn)里的表述“前50 萬步，將整個系統(tǒng)置于NVE 系綜中，對上下固壁和液體區(qū)域分別使用溫度/速度調(diào)節(jié)法使系統(tǒng)在100 K 下達(dá)到平衡狀態(tài)。后500 萬步，利用Nose-Hoover 熱浴來對上下固壁分別進(jìn)行控溫，給液體區(qū)域沿y 向施加一個溫度梯度.” ############################################################### 這里文獻(xiàn)的描述不準(zhǔn)確，NVE系宗能量是invariant。 ############################################################### 對于上面描述的控溫我使用如下的命令 fix NVE all nve fix 2 all temp/rescale 100 100 100 0.1 1.0 run 500000 unfix 2 fix NHlo Plow nvt temp 110 110 100 fix NHhi Pup nvt temp 90 90 100 run 5000000 第二個run的時候我沒有對液相進(jìn)行任何控溫，Nose-Hoover 熱浴控溫，對于lammps來講就是指的fix nvt 吧？但是這樣運(yùn)行之后前面還有nve,體系的溫度就會不斷增加，最后丟失原子，麻煩前輩看看我的問題出在哪里？ ############################################################### 第二個run的時候你每步的對上下兩個區(qū)域進(jìn)行了兩次積分，一個根據(jù)NVE，就是F=ma，另一次根據(jù)NVT，就是F=ma+一個量。我估計你體系出問題就是這個原因。 所以，在第二個run的時候，你應(yīng)該對上下兩部分NVT，中間NVE。不要有overlap。 還有一種方法是用郎之萬thermalstat，lammps里的郎之萬熱浴不會直接進(jìn)行積分，所以可以寫成fix all nve+fix Nhi Langevin。 ############################################################### |
5樓2015-09-03 15:23:05
brucefan
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【答案】應(yīng)助回帖
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我不懂命令，只談?wù)勎业拇笾驴捶�。首先，�?yīng)該用NVT系綜或者NPT系綜讓整個體系達(dá)到熱力學(xué)平衡。一開始不能用NVE系綜，因為體系還沒達(dá)到平衡。有人認(rèn)為一開始用NVE系綜就能看到溫度不變的結(jié)果，那是錯的。在整個系統(tǒng)達(dá)到平衡之后，再撤去原來的整體熱浴，改用局部熱浴，即只控制熱端和冷端的溫度。具體方法有多種，例如Langevin熱浴，Nose-Hoover熱浴，速度重標(biāo)，速度交換等等。原子跑出應(yīng)該主要與邊界條件和積分步長有關(guān)，需要多測試。 [ 發(fā)自手機(jī)版 http://www.gaoyang168.com/3g ] |
14樓2016-12-17 20:04:11
mcjack
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15樓2017-03-28 09:53:19
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對天空說lrj
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4樓2015-07-29 08:48:52
zhang_jaj
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7樓2015-09-08 22:40:31
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8樓2015-12-29 22:46:04
tang_wei
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9樓2015-12-30 09:36:55
10樓2016-01-19 21:23:42
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