 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 查看: 5050 | 回復(fù): 15 | ||||
對天空說lrj金蟲 (正式寫手)
|
[求助]
Nose-Hoover 熱浴控溫，lammps來講就是指的fix nvt 吧？為什么溫度會大增導(dǎo)致原子丟失 已有6人參與
|
|||
|
我做熱導(dǎo)率想先按照文獻的方法模擬一遍驗證自己的程序?qū)Σ粚�，�?jù)文獻里的表述“前50 萬步，將整個系統(tǒng)置于NVE 系綜中，對上下固壁和液體區(qū)域分別使用溫度/速度調(diào)節(jié)法使系統(tǒng)在100 K 下達到平衡狀態(tài)。后500 萬步，利用Nose-Hoover 熱浴來對上下固壁分別進行控溫，給液體區(qū)域沿y 向施加一個溫度梯度.” 對于上面描述的控溫我使用如下的命令 fix NVE all nve fix 2 all temp/rescale 100 100 100 0.1 1.0 run 500000 unfix 2 fix NHlo Plow nvt temp 110 110 100 fix NHhi Pup nvt temp 90 90 100 run 5000000 第二個run的時候我沒有對液相進行任何控溫，Nose-Hoover 熱浴控溫，對于lammps來講就是指的fix nvt 吧？但是這樣運行之后前面還有nve,體系的溫度就會不斷增加，最后丟失原子，麻煩前輩看看我的問題出在哪里？ |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
289求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
292求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
080500求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
291求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
材料292調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
一志愿211 初試270分 求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
274求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
300求調(diào)劑，材料科學(xué)英一數(shù)二
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
招08考數(shù)學(xué)
已經(jīng)有15人回復(fù)
【答案】應(yīng)助回帖
|
我做熱導(dǎo)率想先按照文獻的方法模擬一遍驗證自己的程序?qū)Σ粚�，�?jù)文獻里的表述“前50 萬步，將整個系統(tǒng)置于NVE 系綜中，對上下固壁和液體區(qū)域分別使用溫度/速度調(diào)節(jié)法使系統(tǒng)在100 K 下達到平衡狀態(tài)。后500 萬步，利用Nose-Hoover 熱浴來對上下固壁分別進行控溫，給液體區(qū)域沿y 向施加一個溫度梯度.” ############################################################### 這里文獻的描述不準(zhǔn)確，NVE系宗能量是invariant。 ############################################################### 對于上面描述的控溫我使用如下的命令 fix NVE all nve fix 2 all temp/rescale 100 100 100 0.1 1.0 run 500000 unfix 2 fix NHlo Plow nvt temp 110 110 100 fix NHhi Pup nvt temp 90 90 100 run 5000000 第二個run的時候我沒有對液相進行任何控溫，Nose-Hoover 熱浴控溫，對于lammps來講就是指的fix nvt 吧？但是這樣運行之后前面還有nve,體系的溫度就會不斷增加，最后丟失原子，麻煩前輩看看我的問題出在哪里？ ############################################################### 第二個run的時候你每步的對上下兩個區(qū)域進行了兩次積分，一個根據(jù)NVE，就是F=ma，另一次根據(jù)NVT，就是F=ma+一個量。我估計你體系出問題就是這個原因。 所以，在第二個run的時候，你應(yīng)該對上下兩部分NVT，中間NVE。不要有overlap。 還有一種方法是用郎之萬thermalstat，lammps里的郎之萬熱浴不會直接進行積分，所以可以寫成fix all nve+fix Nhi Langevin。 ############################################################### |
5樓2015-09-03 15:23:05
brucefan
專家顧問 (著名寫手)
-
專家經(jīng)驗: +218 - 模擬EPI: 4
- 應(yīng)助: 422 (碩士)
- 金幣: 2294.8
- 散金: 1720
- 紅花: 88
- 帖子: 1423
- 在線: 670.2小時
- 蟲號: 3048965
- 注冊: 2014-03-14
- 性別: GG
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)
- 管轄: 分子模擬
【答案】應(yīng)助回帖
|
我不懂命令，只談?wù)勎业拇笾驴捶�。首先，�?yīng)該用NVT系綜或者NPT系綜讓整個體系達到熱力學(xué)平衡。一開始不能用NVE系綜，因為體系還沒達到平衡。有人認(rèn)為一開始用NVE系綜就能看到溫度不變的結(jié)果，那是錯的。在整個系統(tǒng)達到平衡之后，再撤去原來的整體熱浴，改用局部熱浴，即只控制熱端和冷端的溫度。具體方法有多種，例如Langevin熱浴，Nose-Hoover熱浴，速度重標(biāo)，速度交換等等。原子跑出應(yīng)該主要與邊界條件和積分步長有關(guān)，需要多測試。 [ 發(fā)自手機版 http://www.gaoyang168.com/3g ] |
14樓2016-12-17 20:04:11
mcjack
新蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 441.4
- 散金: 590
- 帖子: 292
- 在線: 90.2小時
- 蟲號: 2729791
- 注冊: 2013-10-16
- 專業(yè): 固體力學(xué)
15樓2017-03-28 09:53:19
 |
2樓2015-07-28 19:54:16
3樓2015-07-29 02:37:49
對天空說lrj
金蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 1051.3
- 散金: 97
- 紅花: 1
- 帖子: 383
- 在線: 182.3小時
- 蟲號: 1466527
- 注冊: 2011-10-29
- 性別: MM
- 專業(yè): 化學(xué)反應(yīng)工程
4樓2015-07-29 08:48:52
zhang_jaj
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 14 (小學(xué)生)
- 金幣: 2135.7
- 散金: 693
- 紅花: 8
- 帖子: 447
- 在線: 448小時
- 蟲號: 1015849
- 注冊: 2010-05-11
- 性別: GG
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性I:結(jié)構(gòu)、力學(xué)和
6樓2015-09-04 09:03:33
tracel
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 48 (小學(xué)生)
- 金幣: 4116.7
- 散金: 1052
- 紅花: 1
- 帖子: 314
- 在線: 2048.9小時
- 蟲號: 831941
- 注冊: 2009-08-21
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
7樓2015-09-08 22:40:31
只有夜來香
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 5
- 帖子: 13
- 在線: 4.7小時
- 蟲號: 4098435
- 注冊: 2015-09-24
- 專業(yè): 動力學(xué)與控制
8樓2015-12-29 22:46:04
tang_wei
金蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 24 (小學(xué)生)
- 金幣: 1353.5
- 紅花: 28
- 帖子: 428
- 在線: 81.7小時
- 蟲號: 4067192
- 注冊: 2015-09-12
- 專業(yè): 高分子物理與高分子物理化
9樓2015-12-30 09:36:55
10樓2016-01-19 21:23:42
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 對天空說lrj 的主題更新
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 299求調(diào)劑 +7 | 某某某某位 2026-03-21 | 7/350 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 一志愿中南大學(xué)化學(xué)學(xué)碩0703總分337求調(diào)劑 +5 | niko- 2026-03-22 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 384求調(diào)劑 +3 | 子系博 2026-03-22 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 303求調(diào)劑 +4 | 元夕元 2026-03-20 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 280求調(diào)劑 +11 | 咕嚕曉曉 2026-03-18 | 12/600 |
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +4 | 要好好無聊 2026-03-21 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 求助 +5 | 夢里的無言 2026-03-21 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)297求調(diào)劑 +3 | Daisy☆ 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 268求調(diào)劑 +9 | 簡單點0 2026-03-17 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +6 | Mqqqqqq 2026-03-19 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 324分 085600材料化工求調(diào)劑 +4 | llllkkkhh 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 295求調(diào)劑 +4 | 一志愿京區(qū)211 2026-03-18 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿中海洋材料工程專碩330分求調(diào)劑 +8 | 小材化本科 2026-03-18 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 材料學(xué)求調(diào)劑 +4 | Stella_Yao 2026-03-20 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿西安交通大學(xué) 學(xué)碩 354求調(diào)劑211或者雙一流 +3 | 我想要讀研究生 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | @taotao 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 085410人工智能專碩317求調(diào)劑（0854都可以） +4 | xbxudjdn 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 288求調(diào)劑，一志愿華南理工大學(xué)071005 +5 | ioodiiij 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 +5 | pupcoco 2026-03-17 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 收復(fù)試調(diào)劑生 +4 | 雨后秋荷 2026-03-18 | 4/200 |
|