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speedking木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)出現(xiàn)問(wèn)題，請(qǐng)大蝦們進(jìn)來(lái)看看��！ 已有1人參與
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小弟是用MEGA6.0建N-J系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)，我知道將序列放進(jìn)軟件比對(duì)后將兩端截齊，可我這怎么截啊，前端和中間出現(xiàn)那么多缺失部分，那個(gè)用刪除嗎？下面3張圖分別是前端、中間、尾部的截圖，大家有沒(méi)遇到過(guò)類似的問(wèn)題，是什么原因，該怎么解決呢？另外，發(fā)文章時(shí)用Original tree還是Bootstrap consensus tree？在此先謝謝了��！ 前端.png 尾部.png 中間.png |
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夕曼
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5樓2016-03-28 21:23:36
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【答案】應(yīng)助回帖
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出現(xiàn)缺失部分是因?yàn)閭�(gè)別序列在那個(gè)位置有堿基而其他大部分序列在那個(gè)位置沒(méi)有堿基。 如果你要截去兩端部分，一般得用序列編輯軟件才行，直接在這里面是不行的。至于中間空位的問(wèn)題，你是先用clustal 比對(duì)的嗎，編輯里面有選擇去除gaps的功能。然后保存比對(duì)結(jié)果，用MEGA打開(kāi)。 另外，Original tree和Bootstrap consensus tree在文章中都有出現(xiàn)，一般是前者加注可信度值就行。 |
2樓2015-08-08 10:17:43
speedking
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