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xiaoxuan1111

鐵桿木蟲 (正式寫手)

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[求助] 集群下Castep多CPU計(jì)算出現(xiàn)問題已有1人參與

我用的是學(xué)校的集群，利用castep進(jìn)行幾何優(yōu)化，pbs文件如下
#!/bin/sh
#PBS -N pppa
#PBS -l nodes=1:ppn=8
#PBS -o /home/lgx2015/out
#PBS -e /home/lgx2015/err
#PBS -m bae
cd /home/lgx2015/aa5
/home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh Cs2NaYF6

這樣是可以運(yùn)行的，大概一個(gè)小時(shí)就能得到結(jié)果，但是這樣是單核計(jì)算，因?yàn)槲疫€有更復(fù)雜的計(jì)算，單核有點(diǎn)慢，所以想多核運(yùn)行。
我把它改成多核的話，就是把上面的pbs文件最后一行改為/home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh -np 8 Cs2NaYF6
只是加了-np 8
任務(wù)提交上去后，發(fā)現(xiàn)集群倒是分配了相應(yīng)的節(jié)點(diǎn)和CPU，但是實(shí)際上并不進(jìn)行運(yùn)算
請問這種情況，問題出在哪里呢？
學(xué)校的集群并沒有安裝materials studio,我是在自己的用戶目錄下安裝的
就是說我可以單核運(yùn)行castep，多核就不行了，這個(gè)怎么辦呢，是哪里設(shè)置有問題嗎
這些修改操作我都完成了，修改Accelrys/MaterialsStudio7.0/share/data下的machines.LINUX，寫上各節(jié)點(diǎn)的機(jī)器名：CPU數(shù)。
修改Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/Gateway/root_default/dsd/conf文件夾里面兩個(gè)文件里的CPU數(shù)為各節(jié)點(diǎn)CPU總數(shù)。

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你想要什么，如何得到想要的，現(xiàn)在應(yīng)該怎么做？

1樓 2015-08-07 18:39:00

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devinhu

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【答案】應(yīng)助回帖

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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
xiaoxuan1111: 金幣+10, ★★★很有幫助, 非常感謝，還是有點(diǎn)問題 2015-08-07 22:04:59
xiaoxuan1111: 金幣+40, ★★★很有幫助, 非常感謝，搞了一上午，問題解決了 2015-08-08 12:36:29

#!/bin/bash
#PBS -N test1
#PBS -r n
#PBS -j oe
#PBS -l walltime=72:00:00
#PBS -l nodes=4:ppn=8
#PBS -q normal

project_name=CO_1 # change name here!!!
EXE=castepexe.exe

##########################################################
# The following should be no need to
# change any of these settings for normal use.
##########################################################

# go to work dir
cd $PBS_O_WORKDIR
# setup mpd env (Of course use some other secret word than "dfadfs"

if [ ! -f ~/.mpd.conf ]; then
/bin/echo "secretword=dfadfs" >> ~/.mpd.conf
/bin/chmod 600 ~/.mpd.conf
fi
# setup Nums of Processor
NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l`
echo "Numbers of Processors:  $NP"
echo "---------------------------"
echo `date`
cat $PBS_NODEFILE | uniq

# setup mpi env (em64t)
#export OMP_NUM_THREADS=1
#export P4_GLOBMEMSIZE=1073741824
export I_MPI_PIN_DOMAIN=auto
export MPD_CON_EXT=$PBS_JOBID

# setup accelrys env
source /data/apps/accelrys/ms60.sh

mpirun -r ssh -genv I_MPI_FABRICS shm:dapl -n $NP  $MS_INSTALL_ROOT/bin/$EXE $project_name
rm -f *.pid

echo `date` >> $HOME/finish
echo `pwd` >>  $HOME/finish

exit 0

其中ms60.sh內(nèi)容是
#!/bin/bash
# Parallel Environment Setting for Materials Studio 6.0

export MS_INSTALL_ROOT=/data/apps/accelrys/MaterialsStudio6.0
export MSI_LIC_PACK_DIR=/data/apps/accelrys/LicensePack
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MSI_LIC_PACK_DIR/linux/lib:$MS_INSTALL_ROOT/lib
export PATH=$PATH:$MS_INSTALL_ROOT/etc/CASTEP/bin/:$MS_INSTALL_ROOT/etc/DMol3/bin/::$MS_INSTALL_ROOT/etc/GULP/bin

export Castep_DATA=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/Castep
export Castep_TMP=/tmp
export DMOL3_DATA=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/DMol3
export DMOL_TMP=/tmp
export TMPDIR=$Castep_TMP

. $MSI_LIC_PACK_DIR/etc/lp_profile
eval `$MS_INSTALL_ROOT/share/license/data/lic_setup.sh $MS_INSTALL_ROOT -s sh`

注，我們的計(jì)算節(jié)點(diǎn)是通過IB網(wǎng)通信的，如果不是則直接mpirun -np $NP

你可以直接source /home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/etc/lp_profile
mpirun /home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/castepexe.exe Cs2NaYF6 試試

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2樓2015-08-07 21:03:50

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devinhu

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引用回帖:

2樓: Originally posted by devinhu at 2015-08-07 21:03:50
#!/bin/bash
#PBS -N test1
#PBS -r n
#PBS -j oe
#PBS -l walltime=72:00:00
#PBS -l nodes=4:ppn=8
#PBS -q normal

project_name=CO_1 # change name here!!!
EXE=castepexe.exe

####### ...

忘記說明了，上面是我們的torque的腳本，，僅供參考

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3樓2015-08-07 21:04:29

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引用回帖:

mpirun 后面少了 -np 8
如果顯示沒有mpirun 那么換成絕對路徑/home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/mpirun
另外，如果是直接用torque腳本的話conf等那些東西是不需要動就可以的

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4樓2015-08-07 21:10:12

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引用回帖:

謝謝你，但還是有問題。
你給的這個(gè)
source/home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/etc/lp_profile
mpirun/home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/castepexe.exe Cs2NaYF6
一些路徑有點(diǎn)兒錯(cuò)誤，我找到了我所安裝的軟件的lp_profile、mpirun和castepexe.exe分別所在的位置，改過來后還是不能多CPU運(yùn)行
其實(shí)我很懷疑是我軟件安裝后的設(shè)置有問題，我把/home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/share/data下的machines.LINUX中的node1改成我的登陸節(jié)點(diǎn)名的話，是可以多CPU運(yùn)行的，但集群管理員說這樣做就指定了節(jié)點(diǎn)，是被禁止的，集群要自動分配節(jié)點(diǎn)，讓我找一下軟件的設(shè)置問題。
就是說，我不指定節(jié)點(diǎn)而由集群自動分配節(jié)點(diǎn)的話，只能單CPU運(yùn)行，指定節(jié)點(diǎn)倒是可以多CPU運(yùn)行，但會被管理員禁止。
你給我的這個(gè)pbs腳本好長啊，我試試我可不可以用……

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5樓2015-08-07 22:20:40

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5樓: Originally posted by xiaoxuan1111 at 2015-08-07 22:20:40
謝謝你，但還是有問題。
你給的這個(gè)
source/home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/etc/lp_profile
mpirun/home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/castepexe.exe Cs2NaYF6 ...

節(jié)點(diǎn)指定是通過torque里面有個(gè)類似有machines.LINUX的文件控制的，。。所以這個(gè)文件可以不用動
一開始的回答有問題。。我后面補(bǔ)充了
/home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/mpirun -np 8 /home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/castepexe.exe Cs2NaYF6
如果出錯(cuò)了，記得把出錯(cuò)信息貼出來，，例如/home/lgx2015/err和/home/lgx2015/out文件

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6樓2015-08-07 23:04:17

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你可以參照我的pbs腳本，，但是注意改路徑

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7樓2015-08-07 23:05:16

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我今天上午又試著弄了一下，最后終于弄好了。
我的PBS腳本是沒問題的，問題出在當(dāng)時(shí)安裝軟件時(shí)我按照一些教程的說法把machines.LINUX文件給改動了。
我現(xiàn)在把它改成
localhost:24
localhost:24
localhost:24
就沒問題了，可以多CPU運(yùn)行，而且不是在我的登陸節(jié)點(diǎn)上，由集群自動分配節(jié)點(diǎn)。
仍然非常感謝你的幫助，小木蟲上總是有很多熱心的人，金幣全給你吧

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8樓2015-08-08 12:42:32

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