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xiaoxuan1111鐵桿木蟲 (正式寫手)
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[求助]
集群下Castep多CPU計算出現問題 已有1人參與
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我用的是學校的集群，利用castep進行幾何優(yōu)化，pbs文件如下 #!/bin/sh #PBS -N pppa #PBS -l nodes=1:ppn=8 #PBS -o /home/lgx2015/out #PBS -e /home/lgx2015/err #PBS -m bae cd /home/lgx2015/aa5 /home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh Cs2NaYF6 這樣是可以運行的，大概一個小時就能得到結果，但是這樣是單核計算，因為我還有更復雜的計算，單核有點慢，所以想多核運行。 我把它改成多核的話，就是把上面的pbs文件最后一行改為/home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh -np 8 Cs2NaYF6 只是加了-np 8 任務提交上去后，發(fā)現集群倒是分配了相應的節(jié)點和CPU，但是實際上并不進行運算 請問這種情況，問題出在哪里呢？ 學校的集群并沒有安裝materials studio,我是在自己的用戶目錄下安裝的 就是說我可以單核運行castep，多核就不行了，這個怎么辦呢，是哪里設置有問題嗎 這些修改操作我都完成了，修改Accelrys/MaterialsStudio7.0/share/data下的machines.LINUX， 寫上各節(jié)點的機器名：CPU數。 修改Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/Gateway/root_default/dsd/conf文件夾里面兩個文件里的CPU數為各節(jié)點CPU總數。 |
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4樓2015-08-07 21:10:12
devinhu
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#!/bin/bash #PBS -N test1 #PBS -r n #PBS -j oe #PBS -l walltime=72:00:00 #PBS -l nodes=4:ppn=8 #PBS -q normal project_name=CO_1 # change name here!!! EXE=castepexe.exe ########################################################## # The following should be no need to # change any of these settings for normal use. ########################################################## # go to work dir cd $PBS_O_WORKDIR # setup mpd env (Of course use some other secret word than "dfadfs"  if [ ! -f ~/.mpd.conf ]; then /bin/echo "secretword=dfadfs" >> ~/.mpd.conf /bin/chmod 600 ~/.mpd.conf fi # setup Nums of Processor NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l` echo "Numbers of Processors: $NP" echo "---------------------------" echo `date` cat $PBS_NODEFILE | uniq # setup mpi env (em64t) #export OMP_NUM_THREADS=1 #export P4_GLOBMEMSIZE=1073741824 export I_MPI_PIN_DOMAIN=auto export MPD_CON_EXT=$PBS_JOBID # setup accelrys env source /data/apps/accelrys/ms60.sh mpirun -r ssh -genv I_MPI_FABRICS shm:dapl -n $NP $MS_INSTALL_ROOT/bin/$EXE $project_name rm -f *.pid echo `date` >> $HOME/finish echo `pwd` >> $HOME/finish exit 0 其中ms60.sh內容是 #!/bin/bash # Parallel Environment Setting for Materials Studio 6.0 export MS_INSTALL_ROOT=/data/apps/accelrys/MaterialsStudio6.0 export MSI_LIC_PACK_DIR=/data/apps/accelrys/LicensePack export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MSI_LIC_PACK_DIR/linux/lib:$MS_INSTALL_ROOT/lib export PATH=$PATH:$MS_INSTALL_ROOT/etc/CASTEP/bin/:$MS_INSTALL_ROOT/etc/DMol3/bin/::$MS_INSTALL_ROOT/etc/GULP/bin export Castep_DATA=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/Castep export Castep_TMP=/tmp export DMOL3_DATA=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/DMol3 export DMOL_TMP=/tmp export TMPDIR=$Castep_TMP . $MSI_LIC_PACK_DIR/etc/lp_profile eval `$MS_INSTALL_ROOT/share/license/data/lic_setup.sh $MS_INSTALL_ROOT -s sh` 注，我們的計算節(jié)點是通過IB網通信的，如果不是則直接mpirun -np $NP 你可以直接source /home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/etc/lp_profile mpirun /home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/castepexe.exe Cs2NaYF6 試試 |
2樓2015-08-07 21:03:50
devinhu
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謝謝你，但還是有問題。 你給的這個 source/home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/etc/lp_profile mpirun/home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/castepexe.exe Cs2NaYF6 一些路徑有點兒錯誤，我找到了我所安裝的軟件的lp_profile、mpirun和castepexe.exe分別所在的位置，改過來后還是不能多CPU運行 其實我很懷疑是我軟件安裝后的設置有問題，我把/home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/share/data下的machines.LINUX中的node1改成我的登陸節(jié)點名的話，是可以多CPU運行的，但集群管理員說這樣做就指定了節(jié)點，是被禁止的，集群要自動分配節(jié)點，讓我找一下軟件的設置問題。 就是說，我不指定節(jié)點而由集群自動分配節(jié)點的話，只能單CPU運行，指定節(jié)點倒是可以多CPU運行，但會被管理員禁止。 你給我的這個pbs腳本好長啊，我試試我可不可以用…… |
5樓2015-08-07 22:20:40
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