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xiaoxuan1111鐵桿木蟲 (正式寫手)
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[求助]
Castep多CPU計算的問題解決了，又遇到了不能多節(jié)點計算的問題 已有1人參與
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我在上個帖子中求助了castep多CPU計算的問題http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=9251122 后來發(fā)現(xiàn)是Accelrys/MaterialsStudio7.0/share/data下的machines.LINUX文件不對，于是把它改成了原來的內(nèi)容，即localhost，就可以多CPU計算了，而且由集群自動分配節(jié)點。 可是當(dāng)我把節(jié)點數(shù)改為2時，又遇到了新的問題，任務(wù)的PBS文件基本不變，還是這樣： #!/bin/sh #PBS -N pppa #PBS -l nodes=2:ppn=8 #PBS -o /home/lgx2015/out #PBS -e /home/lgx2015/err #PBS -m bae cd /home/lgx2015/aa5 /home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh -np 16 Cs2NaYF6 不論我把#PBS -l nodes=2這句里的節(jié)點數(shù)設(shè)為多少，集群倒是可以為我分配相應(yīng)的節(jié)點數(shù)，但是程序?qū)嶋H只用到了一個節(jié)點，而且這個節(jié)點上用到的核數(shù)等于“RunCASTEP.sh -np”命令后面的數(shù)字，而其他節(jié)點實際都沒用到。集群管理員說一個節(jié)點只能跑8個核，我跑更多個核是不允許的，讓我再改一下設(shè)置。 我試了兩天了，也沒有弄好。 如果修改machines.LINUX文件的話，改成指定節(jié)點 cnode01:8 cnode02:8 cnode03:8 是可以實際做到多節(jié)點多核運行的，但是集群管理員不允許我指定節(jié)點來運行，只能由集群自動分配節(jié)點。 請問我改怎樣設(shè)置，才能既讓集群自動分配節(jié)點，又能多節(jié)點并行呢？問題出在哪里呢 |
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
xiaoxuan1111: 金幣+50, ★★★★★最佳答案, 非常感謝，搞定了 2015-08-12 15:36:50
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xiaoxuan1111: 金幣+50, ★★★★★最佳答案, 非常感謝，搞定了 2015-08-12 15:36:50
| 肯定不允許你使用MS他那個指定節(jié)點跑作業(yè)啊。一定得通過torque那套來分配，就如我上一個帖子回你那樣。不過你們的管理員也是，這些東西應(yīng)該他提供的。。 |
2樓2015-08-12 11:01:02
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非常感謝。我嘗試了好多次，最后徹底放棄用runCASTEP.sh來并行計算。你給我的腳本里面是用castepexe.exe來計算的，我就在這個腳本的基礎(chǔ)上改了改路徑，設(shè)置環(huán)境變量的ms70.sh也按你給的改好了，折騰了好久，最后終于可以在集群自動分配節(jié)點的前提下多節(jié)點并行了。你的腳本有點長，一些句子不太懂，我就去掉了一些，也沒影響運行。 現(xiàn)在我的腳本是這樣的： #!/bin/sh #PBS -N msi #PBS -l nodes=2:ppn=8 #PBS -l walltime=400:00:00 #PBS -j oe cd $PBS_O_WORKDIR NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l` source /home/lgx2015/Accelrys/ms70.sh mpirun -np $NP /home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/bin/castepexe.exe Cs2NaYF6 Cs2NaYF6_PhonDOS Cs2NaYF6_PhonDisp 如果我想幾何優(yōu)化后繼續(xù)進行聲子計算，像上面這樣直接把任務(wù)名列在后面可以嗎？ 我現(xiàn)在正在試，程序正在幾何優(yōu)化，還沒到聲子計算，不知道幾何優(yōu)化完會不會繼續(xù)運行 |
3樓2015-08-12 15:36:14
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6樓2015-08-12 17:31:40
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7樓2015-08-12 17:42:58
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8樓2015-08-12 20:16:47
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