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xiaoxuan1111鐵桿木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
Castep多CPU計(jì)算的問(wèn)題解決了，又遇到了不能多節(jié)點(diǎn)計(jì)算的問(wèn)題 已有1人參與
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我在上個(gè)帖子中求助了castep多CPU計(jì)算的問(wèn)題http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=9251122 后來(lái)發(fā)現(xiàn)是Accelrys/MaterialsStudio7.0/share/data下的machines.LINUX文件不對(duì)，于是把它改成了原來(lái)的內(nèi)容，即localhost，就可以多CPU計(jì)算了，而且由集群自動(dòng)分配節(jié)點(diǎn)。 可是當(dāng)我把節(jié)點(diǎn)數(shù)改為2時(shí)，又遇到了新的問(wèn)題，任務(wù)的PBS文件基本不變，還是這樣： #!/bin/sh #PBS -N pppa #PBS -l nodes=2:ppn=8 #PBS -o /home/lgx2015/out #PBS -e /home/lgx2015/err #PBS -m bae cd /home/lgx2015/aa5 /home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh -np 16 Cs2NaYF6 不論我把#PBS -l nodes=2這句里的節(jié)點(diǎn)數(shù)設(shè)為多少，集群倒是可以為我分配相應(yīng)的節(jié)點(diǎn)數(shù)，但是程序?qū)嶋H只用到了一個(gè)節(jié)點(diǎn)，而且這個(gè)節(jié)點(diǎn)上用到的核數(shù)等于“RunCASTEP.sh -np”命令后面的數(shù)字，而其他節(jié)點(diǎn)實(shí)際都沒(méi)用到。集群管理員說(shuō)一個(gè)節(jié)點(diǎn)只能跑8個(gè)核，我跑更多個(gè)核是不允許的，讓我再改一下設(shè)置。 我試了兩天了，也沒(méi)有弄好。 如果修改machines.LINUX文件的話，改成指定節(jié)點(diǎn) cnode01:8 cnode02:8 cnode03:8 是可以實(shí)際做到多節(jié)點(diǎn)多核運(yùn)行的，但是集群管理員不允許我指定節(jié)點(diǎn)來(lái)運(yùn)行，只能由集群自動(dòng)分配節(jié)點(diǎn)。 請(qǐng)問(wèn)我改怎樣設(shè)置，才能既讓集群自動(dòng)分配節(jié)點(diǎn)，又能多節(jié)點(diǎn)并行呢？問(wèn)題出在哪里呢 |
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xiaoxuan1111
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非常感謝。我嘗試了好多次，最后徹底放棄用runCASTEP.sh來(lái)并行計(jì)算。你給我的腳本里面是用castepexe.exe來(lái)計(jì)算的，我就在這個(gè)腳本的基礎(chǔ)上改了改路徑，設(shè)置環(huán)境變量的ms70.sh也按你給的改好了，折騰了好久，最后終于可以在集群自動(dòng)分配節(jié)點(diǎn)的前提下多節(jié)點(diǎn)并行了。你的腳本有點(diǎn)長(zhǎng)，一些句子不太懂，我就去掉了一些，也沒(méi)影響運(yùn)行。 現(xiàn)在我的腳本是這樣的： #!/bin/sh #PBS -N msi #PBS -l nodes=2:ppn=8 #PBS -l walltime=400:00:00 #PBS -j oe cd $PBS_O_WORKDIR NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l` source /home/lgx2015/Accelrys/ms70.sh mpirun -np $NP /home/lgx2015/Accelrys/MaterialsStudio7.0/bin/castepexe.exe Cs2NaYF6 Cs2NaYF6_PhonDOS Cs2NaYF6_PhonDisp 如果我想幾何優(yōu)化后繼續(xù)進(jìn)行聲子計(jì)算，像上面這樣直接把任務(wù)名列在后面可以嗎？ 我現(xiàn)在正在試，程序正在幾何優(yōu)化，還沒(méi)到聲子計(jì)算，不知道幾何優(yōu)化完會(huì)不會(huì)繼續(xù)運(yùn)行 |
3樓2015-08-12 15:36:14
devinhu
木蟲(chóng) (小有名氣)
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【答案】應(yīng)助回帖
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xiaoxuan1111: 金幣+50, ★★★★★最佳答案, 非常感謝，搞定了 2015-08-12 15:36:50
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xiaoxuan1111: 金幣+50, ★★★★★最佳答案, 非常感謝，搞定了 2015-08-12 15:36:50
| 肯定不允許你使用MS他那個(gè)指定節(jié)點(diǎn)跑作業(yè)啊。一定得通過(guò)torque那套來(lái)分配，就如我上一個(gè)帖子回你那樣。不過(guò)你們的管理員也是，這些東西應(yīng)該他提供的。。 |
2樓2015-08-12 11:01:02
xiaoxuan1111
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4樓2015-08-12 15:39:15
xiaoxuan1111
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5樓2015-08-12 15:47:52
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