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lenalee119銅蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
【跪求指教！】NCBI提交編碼蛋白的基因序列出現(xiàn)ERROR（有終止密碼子） 已有1人參與
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各位大俠各位老師！��！ 第一次提交基因序列， 序列來(lái)源為：環(huán)境中的原核生物 （對(duì)其的一種 functional gene 序列用特定引物擴(kuò)增而成，理論應(yīng)為編碼蛋白序列，非16S序列）， 結(jié)果， 五百多條序列中有一百多條出現(xiàn)error。 系統(tǒng)說(shuō)是由于 Stop codon '*' is found in the range. 序列中間出現(xiàn)了終止密碼子導(dǎo)致無(wú)法編碼氨基酸序列。 請(qǐng)問(wèn)： 1. 這種序列中間出現(xiàn)終止密碼子的情況是否可以自行分析剔除后上傳？ 2. 如果把這一百多條序列以非編碼基因上傳（不附加CDS特征信息），那么這一百多條序列是否與另外登陸成功的400條有CDS特征信息的序列進(jìn)行比較并建成一棵系統(tǒng)樹(shù)？（這一百多條序列與成功的四百條序列在樣本來(lái)源和操作手法上并沒(méi)有差異性） 3.編碼蛋白的序列中間出現(xiàn)密碼子，是否能夠代表了測(cè)序時(shí)的不準(zhǔn)確？又或者，有沒(méi)有可能性是： 這個(gè)基因本身多樣性較高，從而在一些樣本中的一些位點(diǎn)出現(xiàn)了突變？ 4.如果這一百多條“error”序列是代表了測(cè)序的偏差或引物二聚體，是否應(yīng)該干脆把這一百多條序列刪除？ 對(duì)這個(gè)error的處理方法感覺(jué)非常難以把握，苦惱多時(shí)所以在此誠(chéng)心求助！ 實(shí)驗(yàn)室也沒(méi)有提交編碼序列的先例，懇請(qǐng)各位路過(guò)的大俠指導(dǎo)一二，真的不勝感激！ 有提交過(guò)functional gene 序列而非16S序列的前輩煩請(qǐng)多多分享經(jīng)驗(yàn)！先謝過(guò)大家！�。。。。。。�！ |
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lenalee119
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stone2239
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4樓2015-08-15 00:18:17
Fleaves
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lenalee119
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6樓2015-09-16 14:00:45
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