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lenalee119銅蟲 (初入文壇)
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[求助]
【跪求指教！】NCBI提交編碼蛋白的基因序列出現(xiàn)ERROR（有終止密碼子） 已有1人參與
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各位大俠各位老師！��！ 第一次提交基因序列， 序列來源為：環(huán)境中的原核生物 （對其的一種 functional gene 序列用特定引物擴增而成，理論應(yīng)為編碼蛋白序列，非16S序列）， 結(jié)果， 五百多條序列中有一百多條出現(xiàn)error。 系統(tǒng)說是由于 Stop codon '*' is found in the range. 序列中間出現(xiàn)了終止密碼子導(dǎo)致無法編碼氨基酸序列。 請問： 1. 這種序列中間出現(xiàn)終止密碼子的情況是否可以自行分析剔除后上傳？ 2. 如果把這一百多條序列以非編碼基因上傳（不附加CDS特征信息），那么這一百多條序列是否與另外登陸成功的400條有CDS特征信息的序列進(jìn)行比較并建成一棵系統(tǒng)樹？（這一百多條序列與成功的四百條序列在樣本來源和操作手法上并沒有差異性） 3.編碼蛋白的序列中間出現(xiàn)密碼子，是否能夠代表了測序時的不準(zhǔn)確？又或者，有沒有可能性是： 這個基因本身多樣性較高，從而在一些樣本中的一些位點出現(xiàn)了突變？ 4.如果這一百多條“error”序列是代表了測序的偏差或引物二聚體，是否應(yīng)該干脆把這一百多條序列刪除？ 對這個error的處理方法感覺非常難以把握，苦惱多時所以在此誠心求助！ 實驗室也沒有提交編碼序列的先例，懇請各位路過的大俠指導(dǎo)一二，真的不勝感激！ 有提交過functional gene 序列而非16S序列的前輩煩請多多分享經(jīng)驗！先謝過大家！�。。。。。。�！ |
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6樓2015-09-16 14:00:45
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