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snp中連鎖不平衡問(wèn)題計(jì)算
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剛踏入生物信息學(xué),看到連鎖不平衡資料但是不清楚幾個(gè)問(wèn)題 1.D’和r2公式的解釋 ︱D′︳=D2/min(fAfb, fafB) (D<0) ︱D′︳=D2/min(fAfB, fafb) (D>0) r 2=D2/fAfafBfb 2.D’的值與連鎖的關(guān)系,以及與最多有幾個(gè)單體型分別是什么,就是看不懂以下知識(shí)點(diǎn)? D’=1稱(chēng)為完全LD , 說(shuō)明兩個(gè)位點(diǎn)間沒(méi)有發(fā)生重組; 兩位點(diǎn)組成的單體型最多出現(xiàn)3種。 D’=0稱(chēng)為無(wú)LD或連鎖平衡, 即4種單倍型頻率相等。 D’<1說(shuō)明兩位點(diǎn)間發(fā)生過(guò)重組或突變; 4種單倍型均可出現(xiàn);D’相對(duì)值意義模糊。 D ’接近1:提示:兩位點(diǎn)間發(fā)生重組的可能性很。 D ’中間值:無(wú)法比較兩位點(diǎn)LD 的差別。 D’值的95%可信區(qū)間(confidence inteeval,CI) 進(jìn)行比較。 最好是有個(gè)例子,謝謝大牛們。小女感激不盡 |
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