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snp中連鎖不平衡問題計算
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剛踏入生物信息學(xué)，看到連鎖不平衡資料但是不清楚幾個問題 1.D’和r2公式的解釋 ︱D′︳＝D2／min(fAfb, fafB) (D＜0) ︱D′︳＝D2／min(fAfB, fafb) (D＞0) r 2＝D2／fAfafBfb 2.D’的值與連鎖的關(guān)系，以及與最多有幾個單體型分別是什么，就是看不懂以下知識點？ D’＝1稱為完全LD , 說明兩個位點間沒有發(fā)生重組； 兩位點組成的單體型最多出現(xiàn)3種。 D’＝0稱為無LD或連鎖平衡, 即4種單倍型頻率相等。 D’＜1說明兩位點間發(fā)生過重組或突變； 4種單倍型均可出現(xiàn)；D’相對值意義模糊。 D ’接近1：提示：兩位點間發(fā)生重組的可能性很小； D ’中間值：無法比較兩位點LD 的差別。 D’值的95%可信區(qū)間(confidence inteeval,CI） 進行比較。 最好是有個例子，謝謝大牛們。小女感激不盡 |
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