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吉米愛多鐵桿木蟲 (著名寫手)
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[交流]
gromacs支持并行有沒有最大核數(shù)限制？如果拿到超算中心算的話有沒有限制？
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| 有沒有蟲友拿去超算中心用戶gromacs算的哈？現(xiàn)在用的64threads的服務(wù)器，跑的時(shí)候也直接默認(rèn)就是用64threads，不用做其他設(shè)置。想請(qǐng)問如果用更多核去算，用不用另作設(shè)置？比如128核？ |
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
吉米愛多: 金幣+10 2015-08-25 14:47:21
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吉米愛多: 金幣+10 2015-08-25 14:47:21
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在單個(gè)節(jié)點(diǎn)(node）上，gromacs會(huì)自動(dòng)探測(cè)節(jié)點(diǎn)的CPU數(shù)目來(lái)調(diào)用所有的CPU。 超算中心上一般是跨節(jié)點(diǎn)運(yùn)行程序，一般的超算中心都會(huì)有自己的任務(wù)排隊(duì)系統(tǒng)(PBS, SLURM, LSF），不同的排隊(duì)系統(tǒng)有不同的提交任務(wù)的腳本，在腳本中指定節(jié)點(diǎn)數(shù)就會(huì)調(diào)用所有節(jié)點(diǎn)中的CPU. |
2樓2015-08-25 14:24:43
吉米愛多
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3樓2015-08-25 14:49:35
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4樓2015-08-26 08:18:40
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