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hxswdl至尊木蟲 (文壇精英)
Tortoise
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[求助]
向NCBI提交微生物基因組完成圖方法 已有1人參與
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百度到的文檔都過時了，請有經(jīng)驗的人來幫忙解釋一下，謝謝~ 因為流程與以前不同了，沒有經(jīng)驗的請不要應(yīng)助，請理解  |
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
hxswdl: 金幣+60, ★有幫助, 辛苦分吧，我是要提交基因組，回復(fù)里連關(guān)鍵詞都沒有一個，不過有些方法應(yīng)該可以參考一下的，感謝~ 2015-09-01 21:58:39
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
hxswdl: 金幣+60, ★有幫助, 辛苦分吧，我是要提交基因組，回復(fù)里連關(guān)鍵詞都沒有一個，不過有些方法應(yīng)該可以參考一下的，感謝~ 2015-09-01 21:58:39
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1、打開NCBI的數(shù)據(jù)提交頁面，DNA和cDNA就是第一個，有兩種方式，Banklt是網(wǎng)頁在線形式，Sequin是本地批量形式，網(wǎng)頁形式的話應(yīng)先點右上角的NCBI注冊，注冊好后再返回到這個頁面點擊Banklt，NCBI將保存你提交的數(shù)據(jù)在你的帳戶，如果一次沒完成，下次登錄后可以繼續(xù)提交，介而網(wǎng)絡(luò)的原因，不推薦這種方式。第二種是用Sequin軟件在本地生成提交信息文件，然后將文件通過郵件的形式發(fā)送給NCBI，這里主要介紹這種方式，Banklt注冊的程序內(nèi)容也和Sequin一樣。 2、下載sequin，如果是windows系統(tǒng)就下載”sequin.win.exe“。 3、雙擊打開程序”sequin”，如果打不開的話，按“win+R”,輸入”cmd”，進入sequin存放的位置。如放這個文件夾中“D:\Program Files\”,首先在剛打開的命令符窗口中輸入”D:”,進入D盤后,輸入”cd Program Files”,進入這個文件夾后，輸入“sequin.exe”就可以了。 4、打開軟件后，點第一行的”Start New Submission”，提交新的序列。 5、在文本域中輸入序列的題目，如果是多序列的話就概括一下，這個關(guān)系不是很大，文章發(fā)表后可以修改這個題目為文章題目，但不填不行；上面有兩個單選按鈕，”Immediately After Processing”是提交后馬上公布，”Release Date”是在規(guī)定的時間之后發(fā)布，如果你提交的序列還沒有寫文章，建議還是選”Release Date”，然后點”Next Page”進行下一步。 6、下一步填寫通訊作者信息，注意中國人的名稱的話，姓是“First Name”，名是”Last Name”，不填”M.I.”,電話和傳真前面加上中國的區(qū)號”+0086″，填好后”Next Page”。 7、在接下來的這個頁面填寫作者信息，Consortium邊的文本框可以不管它，然后點“Next Page”。 8、填寫通訊作者聯(lián)系地址，注意Country應(yīng)填全稱”P.R China”。 9、接下來的這部是”Preparing the Sequences”，選擇”Use the normal submission dialog”，如果是特殊序列，就選擇下面的選項。 10、接下來是”Sequence Format”，如果是提交基因，選擇默認的可以了。 11、接下來是”O(jiān)rganism and Sequences”，將你的序列按照格式以FASTA格式保存一個文本文件，例如： 1 >A-0V-1-A [organism=Gallus gallus] [clone=C] 2 TCACTCTTTGGCAACGACCCGTCGTCATAATAAAGATAGAGGGGCAACTAAAGGAAGCTCTATTAGATACAGGAGCAGATGATACAGTATTAGAAGAAAT 3 >A-0V-2-A [organism=Drosophila melanogaster] [strain=D] 4 TCACTCTTTGGCAACGCGTCGTCACAATAAAGATAGAGGGGCAACTAAAGGAAGCTCTATTAGATACAGGAGCAGATGATACAGTATTAGAAGAAAT 如果知道功能，也可在后面加上描述信息，如”Homo sapiens superoxide dismutase 1, soluble (SOD1), mRNA”； 12、接下來選擇測序方法，如果是單個基因測序，一般是”Sanger dideoxy sequencing”，具體的方法可以咨詢測序公司，下面的選項可以先不管。 13、接下來頁面都不要先填，一直點”Next Form”,最后那里填上蛋白名稱和描述信息。 14、在接下來的頁面在Annotate里注釋詳細的信息就可以了，一般如果是基因的話也只需要填CDS和exon信息就可以了。 15、填好后Save保存，會生成一個以sqn后綴的文件，將這個文件發(fā)給gb-admin@ncbi.nlm.nih.gov就可以了，郵件不需要寫什么內(nèi)容，寫了別人也不會看，接下來就等著回復(fù)吧，一般五個工作日就會有結(jié)果。 祝順利。 |
2樓2015-08-28 11:39:04
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