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說(shuō)好de新蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
擴(kuò)散系數(shù)模擬值與實(shí)驗(yàn)值、公式計(jì)算值有誤差 已有2人參與
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我在用MS模擬有機(jī)蒸氣（例如正己烷）在空氣中的擴(kuò)散系數(shù)。 我是這樣做的：建立模型，能力最小化，常溫下跑NPT，之后再動(dòng)力學(xué)跑NVT，最后根據(jù)MSD-TIME斜率求出擴(kuò)散系數(shù)，但是擴(kuò)散系數(shù)模擬值與實(shí)驗(yàn)值、公式計(jì)算值之間有較大誤差，實(shí)驗(yàn)值、公式計(jì)算值是模擬值的3~5倍，請(qǐng)問(wèn)還要怎么樣進(jìn)一步再改進(jìn)，使得模擬值跟實(shí)驗(yàn)值、公式計(jì)算值更接近一些？請(qǐng)求大家指導(dǎo)，謝謝！ 還有就是請(qǐng)問(wèn)我想要用現(xiàn)在的模擬結(jié)果發(fā)表文章的話，會(huì)好發(fā)嗎？ |
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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考慮這幾個(gè)方面的影響吧 力場(chǎng)的挑選 NVT平衡的時(shí)間 MSD計(jì)算的取值區(qū)間 前兩個(gè)因素可以通過(guò)查文獻(xiàn)參考，msd計(jì)算不是取整個(gè)時(shí)間段，是要扣除前面不穩(wěn)定的區(qū)間的 |
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說(shuō)好de2樓2015-09-10 10:45:26
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【答案】應(yīng)助回帖
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我個(gè)人認(rèn)為NVE系綜下的結(jié)果會(huì)更好一些，這樣沒(méi)有溫度的外界影響 MSD計(jì)算屬于相關(guān)函數(shù)計(jì)算，需要有大量的數(shù)據(jù)點(diǎn)：長(zhǎng)的模擬時(shí)間，小的輸出間隔 MSD取值范圍是個(gè)比較麻煩的事情，但是最好符合一個(gè)原則：log（MSD）- log（t）作圖，其斜率盡可能接近1。這是擴(kuò)散系數(shù)公式（MSD/t /6）成立的前提，如果偏離很遠(yuǎn)的話，除以6算出來(lái)的擴(kuò)散系數(shù)是不對(duì)的 |
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3樓2015-09-11 16:31:21
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是的，NVE系綜下體系總能應(yīng)該平衡的 是計(jì)算完后選取MSD區(qū)間的時(shí)候要做雙log驗(yàn)證 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
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6樓2015-09-11 19:44:36
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這倒不清楚 你可以查查其他計(jì)算擴(kuò)散的文獻(xiàn) 看看他們大概的差異是多少 如果直接發(fā)的話肯定會(huì)有審稿的問(wèn)的 |
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7樓2015-09-14 08:15:58
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8樓2015-09-14 08:55:16
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9樓2015-09-14 08:55:43
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