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jin9090900

銅蟲 (小有名氣)

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蟲號(hào): 706127
注冊(cè): 2009-02-22
性別: GG
專業(yè): 分離過程

[求助] gif文件內(nèi)坐標(biāo)后面的序列數(shù)是什么概念呢？已有3人參與

請(qǐng)教各位大神，
1.我用Chem3D進(jìn)行建模后，通過pdb文件或者mol文件導(dǎo)入到gaussian中進(jìn)行計(jì)算，在詳細(xì)分析輸入gjf文件時(shí)，發(fā)現(xiàn)內(nèi)坐標(biāo)下方有一些序列，請(qǐng)問是什么概念呢？是否可以刪除。我刪除了之后，gaussian讀取時(shí)，會(huì)報(bào)錯(cuò)。

我算的是一個(gè)磷酸，舉個(gè)例子:

# hf/3-21g geom=connectivity

Title Card Required

0 1
P
O                1          B1
O                1          B2 2          A1
C                1          B3 2          A2 3          D1 0
C                4          B4 1          A3 2          D2 0
C                5          B5 4          A4 1          D3 0
C                5          B6 4          A5 1          D4 0
C                6          B7 5          A6 4          D5 0
C                8          B8 6          A7 5          D6 0
C                8          B9 6          A8 5          D7 0
C                8          B10 6          A9 5          D8 0
C                1          B11 2          A10 3          D9 0
C                12          B12 1          A11 2          D10 0
C                13          B13 12          A12 1          D11 0
C                13          B14 12          A13 1          D12 0
C                15          B15 13          A14 12          D13 0
C                16          B16 15          A15 13          D14 0
C                16          B17 15          A16 13          D15 0
C                16          B18 15          A17 13          D16 0
H                3          B19 1          A18 2          D17 0
H                4          B20 1          A19 2          D18 0
H                4          B21 1          A20 2          D19 0
H                5          B22 4          A21 1          D20 0
H                6          B23 5          A22 4          D21 0
H                6          B24 5          A23 4          D22 0
H                7          B25 5          A24 4          D23 0
H                7          B26 5          A25 4          D24 0
H                7          B27 5          A26 4          D25 0
H                9          B28 8          A27 6          D26 0
H                9          B29 8          A28 6          D27 0
H                9          B30 8          A29 6          D28 0
H                10          B31 8          A30 6          D29 0
H                10          B32 8          A31 6          D30 0
H                10          B33 8          A32 6          D31 0
H                11          B34 8          A33 6          D32 0
H                11          B35 8          A34 6          D33 0
H                11          B36 8          A35 6          D34 0
H                12          B37 1          A36 2          D35 0
H                12          B38 1          A37 2          D36 0
H                13          B39 12          A38 1          D37 0
H                14          B40 13          A39 12          D38 0
H                14          B41 13          A40 12          D39 0
H                14          B42 13          A41 12          D40 0
H                15          B43 13          A42 12          D41 0
H                15          B44 13          A43 12          D42 0
H                17          B45 16          A44 15          D43 0
H                17          B46 16          A45 15          D44 0
H                17          B47 16          A46 15          D45 0
H                18          B48 16          A47 15          D46 0
H                18          B49 16          A48 15          D47 0
H                18          B50 16          A49 15          D48 0
H                19          B51 16          A50 15          D49 0
H                19          B52 16          A51 15          D50 0
H                19          B53 16          A52 15          D51 0

B1          1.49196705
B2          1.61281120
B3          1.86833360
B4          1.54430890
B5          1.54506285
B6          1.54371778
B7          1.55012639
B8          1.54654268
B9          1.54028407
B10          1.54266842
B11          1.86501228
B12          1.54266327
B13          1.54158362
B14          1.54844957
B15          1.54984789
B16          1.54371501
B17          1.54697735
B18          1.54039528
B19          0.94084210
B20          1.11588163
B21          1.11424533
B22          1.11530595
B23          1.11472291
B24          1.11266709
B25          1.11079019
B26          1.11399338
B27          1.11372389
B28          1.11356071
B29          1.11350524
B30          1.11355425
B31          1.11350990
B32          1.11237613
B33          1.11326280
B34          1.11333171
B35          1.11311733
B36          1.11151668
B37          1.11223802
B38          1.11326565
B39          1.11590219
B40          1.11430637
B41          1.11226255
B42          1.11352190
B43          1.11481635
B44          1.11552543
B45          1.11355320
B46          1.11169366
B47          1.11330903
B48          1.11335635
B49          1.11356780
B50          1.11364895
B51          1.11342540
B52          1.11339207
B53          1.11244798
A1          108.63890187
A2          108.16380540
A3          116.47211318
A4          112.72981445
A5          107.79092479
A6          117.82843482
A7          108.18924896
A8          112.28353694
A9          111.15697320
A10       109.62417638
A11       115.62116180
A12       111.16438516
A13       110.95777576
A14       117.73010530
A15       110.85257887
A16       108.17520651
A17       112.24086166
A18       110.00186934
A19       104.86365345
A20       108.45102038
A21       107.93140555
A22       108.42006026
A23       109.24535974
A24       112.63852886
A25       111.33663374
A26       111.23780103
A27       111.57952982
A28       111.51285592
A29       111.46684045
A30       111.22526575
A31       111.82594708
A32       111.24825380
A33       111.38131221
A34       111.39149184
A35       112.08300781
A36       106.25464888
A37       107.45037574
A38       108.66939481
A39       111.15683641
A40       112.40798438
A41       111.13234989
A42       108.58577652
A43       109.14655989
A44       111.16852498
A45       112.38831181
A46       111.44129153
A47       111.60994537
A48       111.48233251
A49       111.53185818
A50       111.21104397
A51       111.26450622
A52       111.90946921
D1          119.84424108
D2          169.04958065
D3          72.37933574
D4       -164.97054523
D5       -143.55051105
D6       -176.32341201
D7          -57.07759026
D8          65.32900178
D9       -119.62210221
D10          29.43626954
D11          62.86165126
D12       -174.62964748
D13          96.60143052
D14          66.79518806
D15       -175.00177775
D16       -55.74019610
D17       -167.06266313
D18          48.10072286
D19       -66.14041254
D20       -49.30711936
D21          91.71339650
D22       -21.42894607
D23       -179.38906619
D24          60.97822971
D25       -58.85078468
D26       -179.29688331
D27       -59.41628934
D28          60.90037301
D29       -175.52872994
D30          65.49159285
D31       -55.91102256
D32       173.43846370
D33          53.72041625
D34       -67.47075654
D35       -93.23958442
D36       152.20309947
D37       -54.72282234
D38       -178.93221018
D39       -60.33930785
D40          60.65837153
D41       -28.39772530
D42       -141.97279169
D43       174.92555985
D44       -65.55741806
D45          55.18801370
D46       -178.98296643
D47          61.17580490
D48       -59.02516855
D49       -175.82423890
D50       -56.30306070
D51          65.09932503

1 2 2.0 3 1.0 4 1.0 12 1.0
2
3 20 1.0
4 5 1.0 21 1.0 22 1.0
5 6 1.0 7 1.0 23 1.0
6 8 1.0 24 1.0 25 1.0
7 26 1.0 27 1.0 28 1.0
8 9 1.0 10 1.0 11 1.0
9 29 1.0 30 1.0 31 1.0
10 32 1.0 33 1.0 34 1.0
11 35 1.0 36 1.0 37 1.0
12 13 1.0 38 1.0 39 1.0
13 14 1.0 15 1.0 40 1.0
14 41 1.0 42 1.0 43 1.0
15 16 1.0 44 1.0 45 1.0
16 17 1.0 18 1.0 19 1.0
17 46 1.0 47 1.0 48 1.0
18 49 1.0 50 1.0 51 1.0
19 52 1.0 53 1.0 54 1.0
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
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33
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1-54是什么意思呢？

2.是否可以算某個(gè)原子或者離子計(jì)算得到的半徑呢？我想建立原子或離子后幾何優(yōu)化就好。但是半徑該怎么讀取呢？

謝謝大家！

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1樓 2015-09-18 09:24:51

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qchem

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【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

1-54是原子編號(hào)
可以刪，同時(shí)要?jiǎng)h除前面的geom=

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2樓2015-09-19 07:28:03

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【答案】應(yīng)助回帖

原子編號(hào)，以及設(shè)定的鍵級(jí)。但通常都是沒用的。
如果確實(shí)需要鍵級(jí)信息，一般我們會(huì)在優(yōu)化后計(jì)算Mayer或Wiberg鍵級(jí)。

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3樓2015-09-21 18:39:18

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【答案】應(yīng)助回帖

對(duì)于原子成鍵的描述，沒什么用，可以刪，同時(shí)記得刪除前面的geom=connectivity

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4樓2015-09-22 07:54:46

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4樓: Originally posted by 槍下游魂 at 2015-09-22 07:54:46
對(duì)于原子成鍵的描述，沒什么用，可以刪，同時(shí)記得刪除前面的geom=connectivity

謝謝謝謝，請(qǐng)問下，geom=connectivity 是什么意思呢？我查了下用戶手冊(cè)，簡單描述了下，但是不知道其深刻的意義是什么？

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5樓2015-09-22 09:22:48

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引用回帖:

5樓: Originally posted by jin9090900 at 2015-09-22 09:22:48
謝謝謝謝，請(qǐng)問下，geom=connectivity 是什么意思呢？我查了下用戶手冊(cè)，簡單描述了下，但是不知道其深刻的意義是什么？...

沒什么用的關(guān)鍵詞，我的理解是讓你自定義成鍵狀態(tài)，但是高斯會(huì)根據(jù)坐標(biāo)自己判斷，所以毫無意義。。。

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6樓2015-09-22 09:55:09

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6樓: Originally posted by 槍下游魂 at 2015-09-22 09:55:09
沒什么用的關(guān)鍵詞，我的理解是讓你自定義成鍵狀態(tài)，但是高斯會(huì)根據(jù)坐標(biāo)自己判斷，所以毫無意義。。。...

謝謝，非常受用

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7樓2015-09-22 10:13:55

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8樓2015-09-28 21:19:32

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