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jin9090900銅蟲(chóng) (小有名氣)
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gif文件內(nèi)坐標(biāo)后面的 序列數(shù)是什么概念呢？ 已有3人參與
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請(qǐng)教各位大神， 1.我用Chem3D進(jìn)行建模后，通過(guò)pdb文件或者mol文件導(dǎo)入到gaussian中進(jìn)行計(jì)算，在詳細(xì)分析輸入gjf文件時(shí)，發(fā)現(xiàn)內(nèi)坐標(biāo)下方有一些序列，請(qǐng)問(wèn)是什么概念呢？是否可以刪除。我刪除了之后，gaussian讀取時(shí)，會(huì)報(bào)錯(cuò)。 我算的是一個(gè)磷酸，舉個(gè)例子: # hf/3-21g geom=connectivity Title Card Required 0 1 P O 1 B1 O 1 B2 2 A1 C 1 B3 2 A2 3 D1 0 C 4 B4 1 A3 2 D2 0 C 5 B5 4 A4 1 D3 0 C 5 B6 4 A5 1 D4 0 C 6 B7 5 A6 4 D5 0 C 8 B8 6 A7 5 D6 0 C 8 B9 6 A8 5 D7 0 C 8 B10 6 A9 5 D8 0 C 1 B11 2 A10 3 D9 0 C 12 B12 1 A11 2 D10 0 C 13 B13 12 A12 1 D11 0 C 13 B14 12 A13 1 D12 0 C 15 B15 13 A14 12 D13 0 C 16 B16 15 A15 13 D14 0 C 16 B17 15 A16 13 D15 0 C 16 B18 15 A17 13 D16 0 H 3 B19 1 A18 2 D17 0 H 4 B20 1 A19 2 D18 0 H 4 B21 1 A20 2 D19 0 H 5 B22 4 A21 1 D20 0 H 6 B23 5 A22 4 D21 0 H 6 B24 5 A23 4 D22 0 H 7 B25 5 A24 4 D23 0 H 7 B26 5 A25 4 D24 0 H 7 B27 5 A26 4 D25 0 H 9 B28 8 A27 6 D26 0 H 9 B29 8 A28 6 D27 0 H 9 B30 8 A29 6 D28 0 H 10 B31 8 A30 6 D29 0 H 10 B32 8 A31 6 D30 0 H 10 B33 8 A32 6 D31 0 H 11 B34 8 A33 6 D32 0 H 11 B35 8 A34 6 D33 0 H 11 B36 8 A35 6 D34 0 H 12 B37 1 A36 2 D35 0 H 12 B38 1 A37 2 D36 0 H 13 B39 12 A38 1 D37 0 H 14 B40 13 A39 12 D38 0 H 14 B41 13 A40 12 D39 0 H 14 B42 13 A41 12 D40 0 H 15 B43 13 A42 12 D41 0 H 15 B44 13 A43 12 D42 0 H 17 B45 16 A44 15 D43 0 H 17 B46 16 A45 15 D44 0 H 17 B47 16 A46 15 D45 0 H 18 B48 16 A47 15 D46 0 H 18 B49 16 A48 15 D47 0 H 18 B50 16 A49 15 D48 0 H 19 B51 16 A50 15 D49 0 H 19 B52 16 A51 15 D50 0 H 19 B53 16 A52 15 D51 0 B1 1.49196705 B2 1.61281120 B3 1.86833360 B4 1.54430890 B5 1.54506285 B6 1.54371778 B7 1.55012639 B8 1.54654268 B9 1.54028407 B10 1.54266842 B11 1.86501228 B12 1.54266327 B13 1.54158362 B14 1.54844957 B15 1.54984789 B16 1.54371501 B17 1.54697735 B18 1.54039528 B19 0.94084210 B20 1.11588163 B21 1.11424533 B22 1.11530595 B23 1.11472291 B24 1.11266709 B25 1.11079019 B26 1.11399338 B27 1.11372389 B28 1.11356071 B29 1.11350524 B30 1.11355425 B31 1.11350990 B32 1.11237613 B33 1.11326280 B34 1.11333171 B35 1.11311733 B36 1.11151668 B37 1.11223802 B38 1.11326565 B39 1.11590219 B40 1.11430637 B41 1.11226255 B42 1.11352190 B43 1.11481635 B44 1.11552543 B45 1.11355320 B46 1.11169366 B47 1.11330903 B48 1.11335635 B49 1.11356780 B50 1.11364895 B51 1.11342540 B52 1.11339207 B53 1.11244798 A1 108.63890187 A2 108.16380540 A3 116.47211318 A4 112.72981445 A5 107.79092479 A6 117.82843482 A7 108.18924896 A8 112.28353694 A9 111.15697320 A10 109.62417638 A11 115.62116180 A12 111.16438516 A13 110.95777576 A14 117.73010530 A15 110.85257887 A16 108.17520651 A17 112.24086166 A18 110.00186934 A19 104.86365345 A20 108.45102038 A21 107.93140555 A22 108.42006026 A23 109.24535974 A24 112.63852886 A25 111.33663374 A26 111.23780103 A27 111.57952982 A28 111.51285592 A29 111.46684045 A30 111.22526575 A31 111.82594708 A32 111.24825380 A33 111.38131221 A34 111.39149184 A35 112.08300781 A36 106.25464888 A37 107.45037574 A38 108.66939481 A39 111.15683641 A40 112.40798438 A41 111.13234989 A42 108.58577652 A43 109.14655989 A44 111.16852498 A45 112.38831181 A46 111.44129153 A47 111.60994537 A48 111.48233251 A49 111.53185818 A50 111.21104397 A51 111.26450622 A52 111.90946921 D1 119.84424108 D2 169.04958065 D3 72.37933574 D4 -164.97054523 D5 -143.55051105 D6 -176.32341201 D7 -57.07759026 D8 65.32900178 D9 -119.62210221 D10 29.43626954 D11 62.86165126 D12 -174.62964748 D13 96.60143052 D14 66.79518806 D15 -175.00177775 D16 -55.74019610 D17 -167.06266313 D18 48.10072286 D19 -66.14041254 D20 -49.30711936 D21 91.71339650 D22 -21.42894607 D23 -179.38906619 D24 60.97822971 D25 -58.85078468 D26 -179.29688331 D27 -59.41628934 D28 60.90037301 D29 -175.52872994 D30 65.49159285 D31 -55.91102256 D32 173.43846370 D33 53.72041625 D34 -67.47075654 D35 -93.23958442 D36 152.20309947 D37 -54.72282234 D38 -178.93221018 D39 -60.33930785 D40 60.65837153 D41 -28.39772530 D42 -141.97279169 D43 174.92555985 D44 -65.55741806 D45 55.18801370 D46 -178.98296643 D47 61.17580490 D48 -59.02516855 D49 -175.82423890 D50 -56.30306070 D51 65.09932503 1 2 2.0 3 1.0 4 1.0 12 1.0 2 3 20 1.0 4 5 1.0 21 1.0 22 1.0 5 6 1.0 7 1.0 23 1.0 6 8 1.0 24 1.0 25 1.0 7 26 1.0 27 1.0 28 1.0 8 9 1.0 10 1.0 11 1.0 9 29 1.0 30 1.0 31 1.0 10 32 1.0 33 1.0 34 1.0 11 35 1.0 36 1.0 37 1.0 12 13 1.0 38 1.0 39 1.0 13 14 1.0 15 1.0 40 1.0 14 41 1.0 42 1.0 43 1.0 15 16 1.0 44 1.0 45 1.0 16 17 1.0 18 1.0 19 1.0 17 46 1.0 47 1.0 48 1.0 18 49 1.0 50 1.0 51 1.0 19 52 1.0 53 1.0 54 1.0 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 1-54是什么意思呢？ 2.是否可以算某個(gè)原子或者離子計(jì)算得到的半徑呢？我想建立原子或離子后幾何優(yōu)化就好。但是半徑該怎么讀取呢？ 謝謝大家！ |
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3樓2015-09-21 18:39:18
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【答案】應(yīng)助回帖
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1-54是原子編號(hào) 可以刪，同時(shí)要?jiǎng)h除前面的geom= 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
2樓2015-09-19 07:28:03
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4樓2015-09-22 07:54:46
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5樓2015-09-22 09:22:48
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