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qian0717新蟲 (小有名氣)
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[求助]
差異表達(dá)基因的篩選，基因芯片、數(shù)字表達(dá)譜、表達(dá)譜測(cè)序和RNA-seq 已有1人參與
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這幾個(gè)技術(shù)的區(qū)別是什么？我的理解是，基因芯片只能檢測(cè)探針設(shè)計(jì)時(shí)考慮的基因；數(shù)字表達(dá)譜和表達(dá)譜測(cè)序是一回事，測(cè)mRNA序列；RNA-seq是測(cè)所有的RNA，不只是mRNA。 我要做的物種，轉(zhuǎn)錄組有其他研究者測(cè)過了（NCBI的TSA數(shù)據(jù)庫(kù)里有contigs，約38k個(gè)contigs）。有EST序列(約8k個(gè)EST，組裝成約6k個(gè)unigene)�，F(xiàn)有文獻(xiàn)中有十幾例利用基因芯片篩選該物種差異表達(dá)基因的例子。這種情況下，用哪種技術(shù)好？ 用基因芯片時(shí)，根據(jù)EST序列設(shè)計(jì)探針，根據(jù)轉(zhuǎn)錄組contigs設(shè)計(jì)探針，兩者檢測(cè)到的序列有什么區(qū)別？（現(xiàn)有文獻(xiàn)中有一例利用轉(zhuǎn)錄組contigs，其他全部利用EST序列） |
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
qian0717: 金幣+30 2015-10-07 21:17:15
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
qian0717: 金幣+30 2015-10-07 21:17:15
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目前使用最普遍的是基因芯片和RNA-seq，其中以RNA-seq最受歡迎。所以樓主說的物種被別人做過了，這一點(diǎn)也不奇怪。 RNA-seq是比基因芯片更先進(jìn)的技術(shù)，其優(yōu)勢(shì)這里不多說了。既然它更先進(jìn)，那么肯定是首選的技術(shù)。目前普遍的做法如下：先做轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，尋找感興趣的基因，后續(xù)做芯片加以驗(yàn)證。兩者達(dá)到相輔相成。但是對(duì)于新的基因、新轉(zhuǎn)錄本，芯片就無(wú)能為力了。 樓主所問的用EST還是contigs設(shè)計(jì)探針，其關(guān)系類似芯片與測(cè)序。沒有好壞之分，但EST運(yùn)用更廣泛吧。 |
2樓2015-09-23 22:21:57
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