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遠(yuǎn)麗123金蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
求大神幫忙，如何確定一個(gè)基因是新基因？ 已有2人參與
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| 以前實(shí)驗(yàn)室有人做的轉(zhuǎn)錄組，預(yù)測(cè)了幾個(gè)可能的新基因，想知道，怎么判定這個(gè)基因是新基因呢，如果是新基因，我該從哪些方面研究呢，老板給的課題就是新基因，我一籌莫展啊，請(qǐng)各位大神幫忙，感激不盡。。。 |
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2樓2015-10-11 10:38:59
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你怎么定義“新基因”？是別人沒(méi)鑒定過(guò)功能的基因，還是演化過(guò)程中在你研究的這個(gè)物種基因型中新出現(xiàn)的基因？ 第一步一般就是blast，看看有沒(méi)有同源基因。一般e值小于1e-10，可以認(rèn)為顯著不同源。 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
3樓2015-10-11 10:53:28
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7樓2015-10-14 13:51:53
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【答案】應(yīng)助回帖
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blast的e值越低，表示同源性越高。 你用全基因組測(cè)序的結(jié)果比對(duì)，當(dāng)然可以找到同源序列。但你要在ncbi里面比nr數(shù)據(jù)庫(kù)，看看別人是不是已經(jīng)對(duì)這段序列進(jìn)行了功能注釋，還要看同源序列記錄的reference是不是功能研究的論文。如果有，表明別人已經(jīng)研究過(guò)了，你這個(gè)就不是新基因。如果沒(méi)有，你做微生物的，用序列分析總能分析出一些同源結(jié)構(gòu)域出來(lái)，預(yù)測(cè)一下功能，然后克隆出來(lái)，再表達(dá)個(gè)蛋白鑒定一下嘛。 |
8樓2015-10-15 10:37:48
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