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有沒有可能計(jì)算出兩個(gè)分子之間最接近原子的rdf? 已有1人參與
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| 大家好，我的盒子是由兩種分子組成的，用gromacs模擬，現(xiàn)在我想計(jì)算盒子中這兩種分子的radial distribution function (rdf), 在gromacs里面算rdf時(shí)分子間的距離可以定義為質(zhì)量中心(com)之間的距離或者體積中心（cog)之間的距離，但是我想定義兩個(gè)分子之間的距離定義為這兩個(gè)分子間距離最接近的兩個(gè)原子之間的距離，然后計(jì)算rdf. 這樣在gromacs中間好像不能實(shí)現(xiàn)，所以我將trajectory 文件做成了一個(gè)長(zhǎng)pdb,請(qǐng)問有什么軟件能幫我計(jì)算想要的rdf嗎？ |
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2樓2015-10-19 10:12:44
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